沈攸之乱，萧嶷守东府。袁粲叛前，王逊密报，萧嶷遣戴元孙助守石头。王蕴遣六十人诈降，萧嶷缴其械外置。乱平后叛卒遁，萧嶷升中领军。
长萧赜平叛后返朝，萧嶷出任江州刺史，领左将军、散骑常侍，封永安县公，食邑千五百户。
后改任荆州刺史，督八州军事。主政时力行节俭，释放沈攸之案牵连三千囚犯，轻减五年以下非政治犯刑期。重定税制惠及百姓，禁官员经商，规范吏治。百姓称颂。齐代宋之际，萧嶷持重维稳不表态。太祖即位，诏书未至，萧嶷即免明二年前百姓欠税。拜侍中、尚书令、骠骑大将军等职，封豫章郡王，食邑三千户。王俭致信盛赞：“楚地连灾，公临州郡焕新，江汉得安，荆楚之盛超庾亮时，十日见治效“
北魏于边境蠢动，皇上为安定荆楚，任萧嶷都督八州诸军事兼南蛮校尉、荆湘刺史等职。萧嶷治理下荆州年缴钱三千万、布万匹、米六万斛，另送镇府米十万斛；湘州年缴钱七百万、布三千匹、米五万斛；蛮夷地区年缴钱三百万、布万匹及棉绢米等。其治绩冠绝荆楚，获赐
春北魏犯境，萧嶷遣崔慧景北伐、萧惠朗援司州。春夏，萧嶷断言敌见严密守备必退，令荆州守军换便服防蛮夷生变。北魏终未敢深入，寿春败退。萧嶷获赐班剑仪仗二十人。
当年萧嶷于南蛮园设学馆，招40名15-25岁祖上为郎官子弟入学，以米为学费，优等生赐米百斛。
义阳匪首张群流窜四郡，沈攸之屡讨未果。沈攸之叛乱时张群随至郢州，据三溪天险建寨。萧嶷遣虞欣祖任义阳太守，厚礼诱降张群后斩之，余党溃散，四郡遂安。
萧嶷入朝任都督扬南徐二州诸军事、中书监等职，获准增置亲兵。离任时严令部属不得携财物，百姓夹道泣送。至荆州患病，返京未愈，帝为之大赦。愈后帝在东府举办音乐会，特许他可乘车直达皇宫。
太祖驾崩，萧嶷哀泣血泪。世祖即位封太尉，设亲兵，免侍中，赐班剑仪仗三十人。建元年太祖欲易储，萧嶷反愈加敬事世祖，故深得信重。拜太子太傅，萧嶷上表辞让未准。
萧嶷不预政事，然谏言多被纳。服阕兼侍中，次年食邑增至四千户。
宋元嘉时诸王可便服觐见，唯太极殿着朝服。皇上念手足情，许依元嘉旧例私宴，萧嶷坚辞：“终身不可坏此礼“萧嶷在皇上驾临时穿便服陪同，并奏请削减仪仗人数，皇上命其与王俭商议。他上表自陈无僭越敛财，恳请勿信流言伤兄弟情，获帝慰答。
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