。元颢趁洛阳兵力空虚长驱直入，荥阳、虎牢被攻占，孝庄帝逃到黄河。尔朱荣闻讯，乘驿传急驰到上党郡长子县的行宫朝见孝庄帝，孝庄帝才转而向南进发。尔朱荣亲自前驱，十天里各地兵马纷纷来集合。元天穆平定邢杲起义，渡黄河来会合。孝庄帝进河内。尔朱荣与元颢隔黄河相持，但没船，一下子过不去。和诸位大臣、僚属商量打算收军北撤，再另作伐元颢。黄门郎杨侃、高道穆反对，恰好马渚地方有几户姓杨的报告有几艘小船，求担任向导。尔朱荣令都督尔朱兆率精锐骑兵夜渡黄河。元颢猝不及防，仓惶逃。孝庄帝渡黄河，进洛阳的华林园。下诏加授尔朱荣为天柱大将军，加封户，与以前合计二十万户。又赐给他鼓吹仪仗。
尔朱荣随后回晋阳对朝廷遥控。亲戚、心腹都在朝廷任要职。在朝百官举动，这些人向尔朱荣汇报。任命官员须经尔朱荣批准。孝庄帝被权臣控制，但勤于政事，从早到晚听取汇报，处理政务。屡次审理冤狱，过问刑法诉讼。又因官吏选拔没标准、粗滥，与吏部尚书李神俊商量严肃选拔官吏纲纪。尔朱荣对孝庄帝屡加责难。有次尔朱荣批文委任一人做定州曲阳县令，李神俊认为此人级别低，不够资格，没奏闻。尔朱荣知后怒，派他委任的人去任所强夺官位。每次尔朱荣使节到洛阳，就算本地位低下人，朝中的达官贵人见到他低声下气、献媚讨好。等到皇宫门口，一时没得通报入见，仗着尔朱荣权威当场发脾气。李神俊便向孝庄帝上表求辞职。尔朱荣打算启用他堂弟尔朱世隆掌管官员选任，孝庄帝不好反对。有次尔朱荣奏请选用北边部族人充任河内地区各州长官，希望与他构成掎角呼应之势，孝庄帝没答应。元天穆入宫晋见孝庄帝论及此事，孝庄帝仍不同意。元天穆说：“天柱大将军为国有大功，做到宰相，就算求全更换天下所有官员吏属怕陛下答应。为啥启奏几人任州官不同意？”孝庄帝板起面孔说：“天柱大将军如不想做臣子，朕应被换。如他要保持臣节，没更换天下百官的理”尔朱荣听后怒说：“当今子靠谁登皇位？我都不听！”尔朱荣女儿孝庄帝皇对孝庄帝聘娶妃嫔不满，多妒忌举动。孝庄帝派尔朱世隆向她晓谕做妻子的道理，尔朱皇后说：“天子由我们家扶上，现在便这样。要是当时我父做帝有这些事？”尔朱世隆说：“大哥不想做罢，要是他做帝臣早封亲王”孝庄帝整天闷闷不乐，感觉不到帝的尊贵。
此前葛荣分枝韩娄占据幽州平州。尔朱荣派遣都督侯深进讨，杀韩娄。当时万俟丑奴、萧宝夤聚众占据关中、泾州地区，尔朱荣派堂侄尔朱天光出任雍州刺史
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