注‘即物而穷其理’。格物院所行，不外乎循此古训，于天地万物、人伦日用中，格其理、穷其道。地动之说，非为骇俗，乃为推算躔次、厘定历法，以授农时，此非厚生利民？人体之探，非为褒渎，乃为洞悉经络、明晰腧穴，以疗沉疴，此非仁心仁术？百工之研，造巨舰以通绝域，制水车以溉膏腴，作钟表以定时辰，省民力而增货殖，此非经世实学？《开元宝典》包罗万象，旨在博采众长，以资治国，岂是独崇机巧？”
“至于圣贤经传，修身齐家治国之宏纲大纪，自当尊奉，拳拳服膺。然圣人垂教，意在‘明明德、亲民、止于至善’。若不能明万物之理以利生民，何以‘亲民’？若无实学实政以致太平，何以‘至善’？夫子有云：‘工欲善其事，必先利其器’。器利而后事善，事善而民生遂，民生遂而后教化行，天下安。此‘器’中，岂无‘道’存？若匠作之术，果能使国强民富，又何尝非大道之一端？”
李瑾的回应，沉稳地将“新知”锚定在“格物致知”、“经世致用”的儒家传统框架内，试图为这些“异端”披上合法的外衣。然而孔颖寸步不让，他向前一步，宽袖微颤，语带激愤：
“谬矣！太子太师此言，似是而非！‘格物’所格，乃人伦日用之物；‘穷理’所穷，乃心性天理之奥。岂是那星辰运转之机巧、血肉皮毛之琐屑？圣学大道，根柢在于正心诚意，在于仁义礼智。尔等所务，尽是外物末技，纵有微利，于变化气质、涵养德性何益？更甚者，尔等动辄标榜‘实测’、‘实证’，以此质疑经典，非议先贤，此风若长，学者将无所敬畏，经典权威必然扫地，此乃动摇人极、祸乱纲常之端！譬如地动邪说，直犯‘天尊地卑’之经义，淆乱乾坤，其心可诛！”
争论的火焰被彻底点燃。支持革新的年轻官员、与格物院往来密切的实务派、以及一些对新学心向往之的士子，纷纷引据反驳。一位年轻的监察御史扬声道：“孔公！下官浅陋，稍通算学。敢问若无精確历算，何以定农时、征赋役？若无準確舆图，舟师何以越重洋、通有无？此皆实学，关乎国计民生，岂可轻以‘末技’斥之？经典所言，乃万世常经，然时移世易，若遇经典未载之事物，后人究察其实，补阙拾遗，正是继往开来，岂可谓泥古不化？”
曾亲眼见过医学院救治重伤士卒的太医署官员也接口道：“下官曾见疡医以沸水蒸酒处置金创，伤者愈合之速，远胜旧法。此活人性命之术，纵涉‘操割’，亦是仁心所寄。若因‘身体发肤’之训，便坐视伤者溃烂而亡，岂是圣贤倡仁之本
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