“人心不古”、“下陵上替”的风险心存疑虑。而且，他需要平衡朝中各方势力，不能过于偏袒一方。
关键时刻，僧一行、刘仁轨等人并未直接硬抗，而是采取了更为策略性的应对。僧一行闭门谢客，专注于修订《大衍历》，以其在天文历法上的无可争议的权威，彰显“实学”在“通天”方面的价值，无言地驳斥“异端邪说”的指控。刘仁轨则上书，避开敏感的“启民智”话题，重点陈述“新学”在富国强兵、解决实际政务难题方面的功效，并举出大量实例，如黄河水患的治理、边防粮饷的筹措、地方豪强的抑制等，皆得益于“实学”人才和方法的运用。他恳切陈词，认为“治国如烹小鲜”，需博采众长，若因门户之见而摒弃有用之学，恐非社稷之福。
与此同时，太平公主通过内廷渠道，委婉地向皇帝进言，指出“新学”中关于算术、地理、农学等知识，于国计民生实有大用，若一概斥为“异端”，恐寒了实务官员之心，亦不利于培养干才。她还暗示，先帝（李治）与梁国公推行新政多年，其利国利民之处，天下共睹，若骤然全盘否定，恐有损先帝与陛下英明。
朝堂之外，民间的声浪也开始显现。一些受益于新政的地方官员、因海外贸易而致富的商人、甚至一些读了“新学”读物而开阔眼界的普通读书人，也通过各种方式表达对“新学”的支持。虽然他们的声音分散而微弱，但汇聚起来，也形成了一股不可忽视的民意。
李琮权衡再三，最终采取了折中、模糊的处理方式。他下诏申明，科举取士，自当以圣人经典、文章诗赋为本，此乃国家抡才大典，不可轻废。但同时，他也承认“实务之才，亦为国所需”，同意在国子监增设“明算”、“明法”等实用学科，学成者可经吏部铨选，出任相关技术官职，但不与进士科等同。对于“新学”的传播，他未明确禁止，但要求“不得淆乱经义，蛊惑人心”，实际上是为其划定了范围——可以在技术、实务层面发展，但不得挑战儒家意识形态的根本。对于孔颖达等人的激烈抨击，皇帝只是温言抚慰，并未采纳其全面禁止的建议。
这场风波虽未彻底扑灭“新学”，但也使其传播势头受到一定遏制，尤其在最核心的“教育”和“民智”问题上，不得不暂时收敛锋芒，转向更务实、更技术化的领域深耕。然而，经此一役，“新学”（或“瑾学”）的名头反而更响亮了。它不再仅仅是李瑾个人的思想，而成了一批官员、学者、乃至部分民众所认同、所追随的一套理念体系。反对者愈是激烈抨击，反而愈使其引人注
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