《紫蝴蝶》的剧情并不复杂，之前已经说过，从表面上看是抗日抵抗组织和日本情报机关之间的斗智斗勇，司徒作为一个无辜的路人被卷入，从而完成一个普通人到抗日志士的蜕变。
但从深层次来讲，就是刻画人性，在那个时代背景下敌我双方的人性。这是楼烨电影一贯的表现方式。
来敲门的自然是小张同学饰演的丁慧，她因为误杀伊玲深感愧疚。出于愧疚心理，她冒险来找司徒，亮明身份，帮助他转移，使之摆脱抗日抵抗组织的追杀。
司徒认出了丁慧就是杀死伊玲的凶手，他很矛盾。一方面他知道丁慧是抗日抵抗组织一员，当时是属于误杀，而且对方还救了自己；另一方面他对伊玲的死耿耿于怀，同时也对将自己无辜卷入，还要杀自己的抗日抵抗组织不满。
而此时的丁慧同样很矛盾，她和抗日抵抗组织的首领谢明在一起已经一年多了。当谢明知道她和日本特务伊丹英彦曾经是一对恋人时，毫不犹豫就命令丁慧去色诱伊丹英彦，从而获得情报。
每个女人对自己的初恋，对自己生命中的第一个男人总是很难忘了。当两人再次相会时，伊丹英彦所爆发出来的热情让丁慧为之动容，伊丹英彦依旧深爱着丁慧，还想带着她一起回日本。尤其当两人来了一场激烈的船戏，彻底迷失了，同时深深地陷入迷茫。
因为她知道自己依旧爱着伊丹英彦，和谢明在一起更多的是重压之下的报团取暖。而且相比谢明的冷酷无情，伊丹英彦更让她感到温暖。
于是乎一个迷茫的丁慧和一个同样充满矛盾的司徒，产生了一丝微妙的情愫。在两人的对手戏当中，对白极少，更多的都是内心戏的刻画。
当然还不至于到上床的地步，楼烨不会low到采用那种狗血的好莱坞叙述方式，更多的是一种同病相怜情愫。
司徒刺杀伊丹英彦失败，不慎被抗日抵抗组织擒获，在处决之际，司徒暴起反击，夺枪而逃。
丁慧那头理智终于战胜了情感，而伊丹英彦却告诉她，他们想要刺杀的日本情报机关首领山本已经死了，谢明也死了，他们两人都摆脱了各自的束缚，可以无所顾忌地在一起了。
这一刻伊丹英彦终于露出他狡猾凶残的本性，同时表达了自己依旧深爱着丁慧的情感。而丁慧在震惊之余用刀刺伤了伊丹英彦。就在此时，司徒闯了进来，枪杀了伊丹，又将枪口对准了丁慧，他要为伊玲报仇。
可开枪时，枪口却偏了一下，只击中丁慧的肩膀，而自己则在丁慧
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