《生化危机3：灭绝》的剧情紧接着上部。
随着威力巨大的核武器爆开，整座拉科恩市都被从塞国地图上抹了下去。
T病毒已毁灭全球文明，地球沦为丧尸横行的废土。
故事开头，姜南饰演的爱丽丝独自在沙漠中流浪，躲避保护伞的卫星追踪，同时寻找幸存者和补给。
在此过程中，她误中陷井，被末日中吃人肉的一家人暗算，但爱丽丝成功反杀。
克莱尔领导着一支由幸存者组成的车队，在荒原上艰难生存，寻找未被污染的“净土”阿拉斯加。车队成员包括第一部第二部的角色。
车队因资源耗尽，冒险进入被丧尸占据的拉斯维加斯废墟寻找燃油和物资。但是遭遇了丧尸乌鸦群，以及适应了沙漠环境的沙地活死人。
车队陷入危机中。
幸好，爱丽丝及时赶到，利用念力拯救了车队。
与此同时，保护伞高层艾萨克斯博士在沙漠地下的秘密基地操控着局势。
他的目标有三个：
一、捕捉爱丽丝，因为她是唯一成功与T病毒完美融合的个体，是研究的关键。
二、测试“复仇女神计划”新成果，将卡洛斯等幸存者作为新型生物武器——追踪者的实战测试对象。
三、清除“失败实验品”，将地表所有幸存者和失控丧尸视为待清理的垃圾。
爱丽丝带领幸存者跟丧尸潮拼杀，卡洛斯为了给队友争取逃生时间，引爆了炸弹，壮烈牺牲。
逃出来后，爱丽丝送走了其他队友，自己一个人深入了地下基地。
在这里，她觉醒了无数克隆体的记忆，脑海中浮现了博士拿她克隆体所做的所有事情。
爱丽丝在白后口中得知，博士被一个接受过新血浆的生物咬了，变成了一只丧尸，且能力无比强大，拥有着无线愈合的能力。
爱丽丝找到了它，最终杀死了他。
电影的结尾，爱丽丝在基地内看到无数个自己的克隆体正在培养舱中沉睡。
艾萨克斯博士一直在复制她。
下一刻，成百上千个爱丽丝克隆体在培养舱中同时睁开眼睛。
至此，电影结束。
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影院灯光亮起的瞬间，雷鸣般的掌声从各个角落涌来。
成丞坐在第一排，站起身来，牵着姜南的手走到台上，接受着众人的赞誉。
早已按捺不住的媒体记者立即挤上
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