然而菲律宾的这个货物税实施得并没有那么顺利。万历九年(1581)，总督龙奇虑对出口到新西班牙的货物征收2%的税，对明人带到马尼拉的货物征收3%的税。谁知道他推行此税率并未得到准许，甚至还因此受到责备。
这些责备之声首先来自于菲律宾名义上的行政上级单位、远在美洲的新西班牙殖民当局。
1581年3月10日，刚刚被委任为马尼拉首任主教的多明我会士萨拉萨尔在奔赴菲律宾的途中，于墨西哥的奇拉帕致信菲律宾财政官员莱德斯马，坚称菲律宾现在还不便征收货物税，他的理由是“因为那个国家(菲律宾)处于新建阶段，尚不足以自持”。
与之相呼应的是，在新政推行的次年(万历十年，1582)，菲律宾的“某些商人和重要人士”便以匿名方式上报西班牙王室称：
龙奇虑总督对所有布匹征收3%的税，导致中国商人极为不满。那些中国商人声称不会再来马尼拉，因为现在交易已经不再自由。由于我们征服这个地区还没有多久，这个国家(菲律宾)如此脆弱和广袤，若各方面都没了自由，恐怕会遭至毁灭。
“中国商人极为不满”这个说法并不是胡说八道，因为这里“中国商人”的代表就是高务实。高务实在拿下安南之后，通过京华的船队向马尼拉当地某些官员表达了不满。
不过高务实当时说这话的主因是马尼拉的基础建设还相当糟糕，马尼拉港的港口设施甚至比不上临时兴修不到一年的钦州港。
对比一下，红朝刚刚改开的时候，是不是一边努力提升硬件软件全方位的基础保障，一边做出各种包括免税在内的优惠政策，目的就是吸引外商、侨商等入驻？你菲律宾当局连个港口都还没修到让人满意，就要开始征税了，那我作为头号大商还不得表达一下抗议？
当然，话说回来，彼时已经打定主意先不动西班牙人的高务实其实也就说说而已，他知道欧洲人的思维方式与中国人不同，此时的西班牙人尤其只能靠“利益可能受损”来反逼着改变。
但当时令高务实疑惑的事情发生了，即便新税制遭到种种非议，最终还是得到正式批准。1583年(万历十一年)5月10日，奉命调查新政是否妥当的菲律宾最高法院将最终结果汇报如下：
国王陛下下令最高法院调查前任总督龙奇虑对进出口货物执行3%税率的政策；以探查政策是否合适，若不当就废除，或者采取相应举措修正。考虑到菲律宾的王室金库资金短缺，当地支出巨大，最高
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