龟船集中射击，其余船只也纷纷用火绳枪来牵制以及向民船射击。在来岛通总和藤堂高虎的指挥下，日军军势渐趋稳定。
朝鲜龟船作为平底船，虽然远洋作战肯定是渣渣一样，但在这种风浪不强的近海却可以横行霸道、左冲右突。只见它们枪炮连射，加之比日船灵活，铁甲船只能硬扛打击。
不过，朝鲜民船方面就比较惨了，被日军火绳枪压制得几乎难以抬头，虽有朝鲜主战船火力掩护，双方仍然陷入僵持。
然而，或许是因为朝鲜水军目前绝大多数都是民船所改装而来，整体战斗力远不如壬辰年那般，因此没过多久，鸣梁海峡一端的朝鲜船队就似乎渐渐不支。
来岛通总见状大喜，立刻指挥日军船队开始一部分先行尝试突围。眼见得重整队列希望在前，来岛通总不禁心中得意，暗忖你李舜臣偌大名声，眼下还有何等手段能阻止我反败为胜？同时他也没闲着，再度通令全队不得大意，相互掩护，按序列跟进。
此时正赶海流变向，急流涌动，倭船全为尖底，虽然船身很稳(指较少出现大角度侧倾)，但船只整体却在急流中上下左右摇摆不定，随着波涛自相乱撞。
由此，日军战船时而被迫拥挤在一起，时而又互相被撞开，日军因此大乱。李舜臣见状，顿时号令全军发起总攻。
约莫半个时辰后，海潮退却，提前布置的木桩铁索浮出海面，顿时分割并限制住了日军船队的活动区域。十数条木桩铁索一出，日军战船的尖底便成了弱点，因此不少战船险些侧翻。
来岛通总心惊不已，马上下令各船另遣敢死队下水拔除铁索，来岛通总及藤堂高虎急得连连叫喊突围，火箭、炮弹、子弹在两军之间穿梭往来，犹如万千死神狂飞乱舞。
混战之间，来岛通总及其兄长得居通年所乘战船被数发炮弹击中甲板，结果其中一颗击中了甲板炮旁边准备换药的火药箱。虽然炮弹是实心炮，但经炮膛射出时已经达到了高温，立时引爆了火药箱，两人被不知何种碎片击中，各自落水而死。
主将战死，日军更加军心慌乱，甚至连藤堂高虎也难以遏制。日本水军此时已经没有军纪一说，纷纷疯狂突围，甚至将铁索都给撞断了，只是却不知有多少船只在撞断铁索前就以彻底损毁。
最后日军仍然冲出鸣梁海峡与本队会合，劫后余生的他们清点损失，发现此战日本水军被击沉十九艘小早船及十二艘关船，其中还有两艘铁甲关船。不过朝鲜方面损失也不小，其改装民船损失过半，好在战略、战
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