一个甲种军，一个乙种军。另外再从土默特蒙古骑兵中遴选精锐，编入禁卫军，且专门给一镇骑兵编制，独立成镇，是为“禁卫骑兵第一镇”。
经过前一次军改，现在大明的甲种军下辖四镇，全军50048人；乙种军下辖三镇，全军37536人；禁卫军编制独有不同，其下辖五镇，外加一个独立重炮协，合计有66598人。
按照军改计划，原本大明有一个特种军即禁卫军，十个甲种军，十八个乙种军，以及编制、员额都不固定的丙种军若干(屯田军，一般不负责作战)。
经过这次土默特内附，禁卫军直接多了一个镇的骑兵编制，总兵力上升到79110人，约等于八万人。
甲种军提高到十一个，即多了“归化第一军”。全国甲种军合计550528人，约等于五十五万人。
乙种军提高到十九个，即多了“归化第二军”。全国乙种军合计713184人，约等于七十一万人。
不考虑通常不承担作战任务的丙种军，大明禁卫军、甲种军、乙种军合计，全国战兵应有员额1342822人，约等于一百三十四万人，在这个时代堪称无与伦比。
当然，此次军改并未完全完成，例如现在的西域，刘綎麾下的兵力就超过编制——因为那里还属于战时状态，军改暂时还没有实际执行。而有些地区，特别是南方诸省，由于军事压力比较小，军改进度也比九边要慢一些。
由于高务实基本全盘保留了土默特骑兵，军改的诏书下达时，土默特方面很是松了口气，然后立刻答应了下来。
不过，土默特“推荐”说，希望让钟金哈屯之子布塔施里继承其生母所部，并编为禁卫骑兵第一镇；希望由把汉那吉亲任“归化第一军”总制，并继续坐镇归化城。至于“归化第二军”，土默特方面倒是大方表示“请朝廷选任”。
关于土默特的“推荐”，朝廷之中分为两派。一派认为朝廷应该坚持自行任命军职，不该开此特例；一派认为土默特刚刚内附，而且还是主动内附，朝廷应该考虑这一客观现实，先准了禁卫骑兵第一镇和归化第一军的任命，等将来再做调整。
这两派说法其实各有其道理，不过高务实权衡许久，还是采纳了第二个建议。他当然知道朝廷制度的严肃性，不应该有什么特例，但客观现实摆在这里，高务实也必须考虑千金买马骨的重要性，应该让土默特成为科尔沁等部的范例——如果把汉那吉等人内附之后实权全失，科尔沁等部恐怕难免心寒。
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