基、炼精化囗、炼囗化神、炼神还虚。
其中始终不离火候、药物之妙用，对火候法度、温养指归的阐述比北宗都细密一些。
同北宗一样，南宗也深受佛教思想影响，其言修炼常常仙佛参半，也极重视炼心炼已，但不像北宗那样下手处即求炼心炼已，而是放在修炼的第四层上，亦即是以命功起始，性功了终。
南宗白玉蟾清修支派主张独身清修，认为一已之身就是一完整天地，乾坤、阴阳二性俱足，无须外求，无谓
“自耕自种自烹炼，一日一粒如黍然”，（《道藏辑要·白真人集》）俞琰认为，丹经中的夫妻等实指阴阳二性，而这些又皆为已身所有；又说：“人知吾身自有日月，则往来不穷之妙，只在吾身而不必索之高远矣。”（《易外别传》）阴阳派发挥《悟真篇》中阴阳交媾的思想，主张男女双修，即采取同类坎中真阳，以接补已身离中之阳。
这种采补式修丹法又分三乘。中、下乘行
“体交法”；上乘则行
“神交法”，即男不宽衣，女不解带，男女对坐，性情相交，气化感应，从而双修双补，利已不损人，双方皆获采补之益，与采战御女之术有分别。
鉴于此术有被人误解而步入歧途的危险，阴阳派大师皆不肯轻传。南北二宗在元代实现合流，其分殊限于全真教派内部。
南宗之
“祖”降为
“真人”，原来的
“五祖”加上刘永年、彭囗成为
“南七真”。阴阳与清修两派在丹法上虽仍保持独立发展，却也有渗透融通的情形。
如陈致虚的丹法就有会通南北二宗、清修与阴阳二派的特点。南宗的主要金丹著作有：张伯瑞的《悟真篇》、《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》、《奇经八脉考》；石泰的《还源篇》；薛道光的《还丹复命篇》；陈楠的《翠虚篇》；白玉蟾的《海琼问道集》、《海琼传道集》、《金华冲碧丹经秘旨》、《海琼白真人语入》；夏宗禹的《人物镜笺》、《阴符经讲义》、《悟真篇讲义》；俞琰的《周易参同契发挥》、《易外别传》、《玄牝之门赋》；翁葆光《悟真篇注释》、《悟真直指详说三乘秘要》，《悟真篇注疏》（戴起宗疏）；陆西星《悟真篇小序》；彭好古《悟真篇注》；甄淑的《悟真篇翼注》；仇兆鳌的《悟真篇集注》等。