真宗大悦，给将士们给予了丰厚的奖赏，雷有终、秦翰等各有升迁。不久之后，真宗查明了平贼真相，平贼首功当属杨怀忠同志，而雷有终、石普竟敢瞒报、抢功，于是提拔了杨怀忠，并开始厌恶雷有终之辈。
次年（1001）正月，召西川转运使、兵部员外郎马亮入京述职，详细汇报蜀地状况。马亮亲身参与了平叛，保障了物资供应，并在焚毁贼军炮兵阵地时，提供了足量的引火之物。在整个平叛期间，总司令雷有终一直心黑手辣，比如用「点天灯」的手段虐杀俘虏，当然这其中也免不了滥杀无辜，而马亮则一直尽力规劝，很多被胁迫从贼的百姓因此得以存活。受战乱影响，成都城米价飙升到斗米千钱的天价，负责后勤、物资转运的马亮就打开粮仓，低价抛售储备粮，使粮价迅速下降到百姓可以接受的范围，同样救活了无数百姓。
马亮抵达京师后，正好遇到有关部门械送「贼兵」八十九人，有关部门（枢密院）的处理意见非常明确：全部诛杀。
马亮借着向真宗当面汇报工作的时候替这些人求情，说他们不是「贼余」的余，而是「余皆不问」的余，是受胁迫的良民，而且这些人只是其中很少一部分（百之一二），近99%的则是暂时逃匿到山林躲藏，如果朝廷贯彻「只诛首恶，余皆不问」的政策，他们就会放心回家，继续从事生产，而如果将这几个人诛杀，就等于逼那99%的人从此落草为寇，祸害一方，孰轻孰重，请陛下斟酌。
真宗茅塞顿开，当即将这89人无罪释放。
马亮回任后，又释放了数百位因欠税而遭拘押的百姓，同时废除了不合理的税收项目，还免除了二百多万的官方给民间的贷款。
在蜀地叛乱时，朝廷征调施、黔、高、溪州蛮，这些人因此熟悉了周边的山川道路，也看到了外面的花花世界，原来大山外面这么哇塞！结果他们不再助朝廷平叛，而是攻掠周边州县，将男女俘虏进山，为祸一方。
最终朝廷派丁谓前去抚慰，丁谓采取攻心为上的策略，感化了蛮酋，经过友好谈判，朝廷以一匹绢赎一名人质的价格，成功解救出被掳百姓一万多人。
「王均之乱」终于在咸平四年（1001）3月彻底结束。这场内乱除了带来无法估量的物质损失外，更为重要的影响就是牵制了朝廷的精力，使得宋朝在对辽问题上处于极为不利的被动状态。