再来看看李秀成这边的情况，和洪秀全一起看完了吴超越那道恶毒到了极点的挑唆书信后，熟知洪秀全多疑性格的李秀成便知道再没有任何办法劝说洪秀全提前离开南京了，也明白肯定要和吴军主力在南京打一场战略决战了。虽然李秀成很清楚自己决战获胜的把握并不大，然而李秀成又不可能让军队和南京太平军坐以待毙，便也只能竭尽全力的准备迎接这场关乎太平天国前途命运的决战。
当然了，带着三十几万江浙太平军都消灭不了只有一万多人的吴军冯三保部，李秀成也不敢再梦想能够正面击败吴军增援，所以对于南京决战，李秀成只能是决定以坚守为主，利用有利地形和坚固工事挡住吴军的援军，熬到吴军久攻不克后自行撤退，也熬到雨花台上的冯三保粮尽突围，取得南京保卫战的胜利，然后再另做打算。
与麾下众将开会讨论敲定了这个战术方针后，李秀成立即着手布置防御计划，决定以现有营地为基础，围绕雨花台修筑十一座大型营城，深沟高垒把防御工事修到最坚固，配合以数十座小型坚垒和拦截壕沟，重重包围雨花台彻底切断吴军冯三保部与外部的联系，逼着吴军后军发起正面强攻，打开道路解救粮食弹药无法得到补给的吴军冯三保部。
除此之外，为了确保与江浙后方和江北友军的联络畅通，李秀成还十分重视对秣陵关和九洑洲这两处军事重地的保护，早早就安排了自己的亲弟弟李明成率军驻守秣陵关，防范吴军切断自己与江浙后方联系的陆上主动脉；又安排部将傅正纲率军两万北上九洑洲，帮助原先驻守九洑洲的敛天义梁凤超加强防御。同时又在九洑洲与长江北岸之间搭建起了十条浮桥，方便江浦和浦口的太平军随时南下增援九洑洲。
李秀成对九洑洲的防御问题虽然十分重视，然而智囊李书香却对李秀成的安排忧心忡忡，向李秀成警告道：“忠王千岁，九洑洲虽然是天京的北大门，是我们和江北天国军队联络的咽喉要地，但九洑洲毕竟只是一座江心岛，四面环水又地势不高，我们的驻军营地很容易遭到妖兵的水师火力覆盖，守起来十分吃力，在那里布置重兵不但过于浪费，还有可能被妖兵利用水师优势彻底困死在岛上，连撤退都难。我们在九洑洲布置那么多兵力，是不是太冒险和浪费了？”
“怕什么？”李秀成自信的说道：“九洑洲北面的水道又窄又浅（只有几十米宽），妖兵的火轮船开不进去，我们只要守住九洑洲连接北岸的五道浮桥，再在九洑洲岛上多修一些防炮工事，就是进可攻退可守，保证我们和江北联络畅
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