土必争，又担心李容发、吉庆元和方海宗这几支主力军队在巷战中损失惨重，严重削弱突围时的作战力量。左右为难，前后矛盾，战术方针的选择比手中机动兵力严重不足的吴超越还要头疼万分，根本就不知道到底该怎么打。
最后，招架不住洪秀全亲信莫仕暌的一再催促逼迫，李秀成只能是采纳了智囊李书香的折中建议，决定暂时满足洪大教主的旨意要求，一边发动百姓抢筑城墙和准备撤退，一边也不再往北城增派兵力，让李容发、吉庆元和方海宗等军就地坚守街垒，巷战耗敌。然后走一步看一步，随机应变，见机行事——换句话说，也就是打到那里算那里。
天色终于微明了，公历九月二十五日、农历闰八月初三的清晨七点刚过，在吴超越的亲自指挥下，也在吴军重将曹炎忠的亲自率领下，六千装备精良的吴军将士兵分两路，分别从已经重新疏通的神策门和旁边的城墙缺口处，向着太平军在南京城中的街垒阵地发起了进攻，正式拉开了南京巷战的序幕。
与此同时，吴军已经停止了在龙脖子战场上的佯攻，所有军队全部用于监视除神策门外的南京十二道城门，在城门出口处抢建阻击工事，挖掘壕沟埋设地雷，布置火炮封锁道路，时刻防范太平军弃城突围。吴军水师的舢板船队也几乎全部驶入秦淮河，在河面上来往巡逻不绝，随时准备帮助拦截太平军的出城之兵。同时为了预防万一，吴军还做好了随时炸毁南京城各道护城河桥梁的准备。
七点二十一分，大战正式打响，兵分两路入城的吴军将士继续分头行动，一路由曹炎忠部将刘堪率领，沿柳巷向太平军李容发的阵地发起进攻，目的是拿下台城，直接威胁洪秀全的天王府；一路由曹炎忠亲自率领，走红庙街东进，向太平军吉庆元部的阵地发起进攻，目的是击溃吉庆元军，接应下关三门外的吴军钱威部入城。
杨秀清其实真不是完全在蒙洪秀全，吴军在城里的巷战确实打得十分艰苦，每前进一步都有可能被街道两旁民房院落中的冷枪暗算，只能是小心翼翼的一边清剿街道两旁的潜伏敌人，一边缓缓向前方推进；也每每受阻于太平军连夜抢修街垒工事，被迫使用移动缓慢的重炮轰击开路，推进速度十分缓慢，伤亡明显要比在城外野战时为多，弹药消耗更是巨大。
推进最吃力的是刘堪这一路，因为太平军正在组织城内全力抢修从台城到清凉山的新城墙，太平军在柳巷这条路上可谓是集中了重兵保护，李容发和方海宗两军共守柳巷，马台街上的袁得厚部也派遣小股军队游击骚扰刘堪的侧翼
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