便向密友透露他那非同寻常的身份。
结果这个密友嘴不牢将此事又告知了另外一人，而那人恰恰是個反清复明的志士，因此欲拥戴“朱三太子”反清复明。
并且立即发动起义。
然而起义军要推举的领袖“朱三太子”却在起义开始后没了踪迹，弃家逃了！
朱慈烔是躲起来了，可他的妻妾、女儿、儿媳等人却因官府通缉而上吊。
三个儿子也被捕。
朱慈烔本人是在山东被清廷捕获，被捕后供述：“我虽崇祯之子，但从没有非分之想，遇见那些要妄为的人我劝不住他们，只能躲避苟延残喘。”
案件被上报到燕京后，康熙非常重视，将朱慈烔本人以及子孙七人全部押到京师，组织九卿会审。
九卿会审是有清一代审讯犯人的最高规格。
鳌拜倒台都不曾有这待遇。
此外还有一帮明朝老太监也参加了这次会审。
已经75岁高龄的朱慈烔在审讯时对主审官员说：“吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”
意思他要造反早就造了，机会也多的是，何至于在大清太平盛世年间造反，且他从来没有干过任何造反的事，一直以来都是以大清顺民、良民自居，从未半点非份之想。
以此向清廷求饶。
九卿会审结果认定朱慈烔未参与任何谋反之事，且年事已高可以释放。
康熙审阅全部案卷后，明知此人确系崇祯之子，但杀之无名，于是硬说他是假朱三太子，重演摄政王多尔滚在顺治初年杀明太子的故伎。
朱批：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。”
就是不管你反不反，有没有反，想不想反，都得死。
后颁上谕：“朱三即王士元，着凌迟处死。伊子朱尧、朱圭、朱壬、朱在、朱坤俱着立斩。”
也就是说康熙亲自下旨将朱慈烔凌迟处死，儿孙皆杀。
而太子朱慈烺则在六十多年前就被多尔衮杀害于燕京。
朱慈烺被杀没几天，同在燕京的崇祯女儿长平公主朱媺娖突然去世，年仅16岁。
当时已怀有五个月的身孕。
下落不明的永王朱慈炤则在三藩之乱时于湖南被岳乐俘获送燕京处死。
定王朱慈烔一家被杀后，崇祯
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