警告过朝廷建奴可能会通过这个薄弱区域进攻大明，还建议朝廷在遵化增设团练总兵，以防备建奴由蒙古南下。
结果也和袁崇焕预料的差不多，皇太极正是从这个地方打开缺口攻进大明的。如果当时朝廷能够重视袁崇焕的提醒，提前做好安排的话，根本不会有后来的事发生。至于之后他带着关宁军先一步建奴来到京师更和引路没半毛钱关系，因为他得知皇太极的八旗兵进军速度极快，已经朝京师赶来了，为救援京师他这才拼命赶路先一步抵达，目的是要赶在皇太极抵达京师前拦住对方，做好京师防御，如果这也算错，他袁崇焕死也不服，打仗情况千变万化，自己作为统帅必须先确保京师安全，难道早敌人前一步抵达京师就是罪过？
虽然袁崇焕的反驳有几分道理，可这个时候任凭袁崇焕如何都已没有用处了。因为最根本的原因在于崇祯皇帝要杀袁崇焕，袁崇焕是真的冤枉还是假的冤枉已经不重要了，己巳之变的起因是因为袁崇焕作为蓟辽督师没能防御住建奴，给建奴有机可乘，仅此一点，袁崇焕就算不得冤枉。
如同走程序一般的三法司会审很快结束，朝廷最终以谋判罪判处袁崇焕死刑。
不过这个结果崇祯皇帝并不满意，直接给与驳回。
三法司的官员马上领会了崇祯皇帝的想法，改判袁崇焕谋反大逆罪判处凌迟，这一次崇祯皇帝还是不满意，继续驳回。
这一下就让三法司为难了，大家都知道崇祯皇帝要杀袁崇焕的决心，可现在都已经从处斩判为凌迟了，崇祯皇帝怎么还不满意呢？这凌迟已是最严厉的罪罚，朝廷没有比凌迟更严了，这如何是好？
这时候，有一个官员提议道，是不是因为罪名的缘故让皇帝不满意呀？这句话一出大家眼前都是一亮，顿时茅塞顿开，一拍大腿恍然大悟。
过了几日，三法司再一次做出了判决，除了之前的罪名外，还有“市米资盗”“谋款斩帅”“纵奴入犯”“顿兵不战”“遣散援兵”“潜携喇嘛”“坚请入城”等罪状及凌迟的判决递交给崇祯皇帝。
看到这个结果，崇祯皇帝这才表示满意，第二日早朝，他拿出三法司的判决结果向百官宣告，百官听后都表示赞同处置袁崇焕，就此崇祯皇帝点名让刑部侍郎涂国鼎出宫监刑，同时下旨袁崇焕的其兄弟妻子流放二千里。
当日下午，西市行刑，被渔网绑着的袁崇焕由刽子手进行凌迟之刑，此刑可谓残酷之极，袁崇焕被足足割了足足3543刀，不过这个刀数是凌迟之数，实际上袁崇焕从行刑
…。。