防守，虽然挡住了明军攻势的第一波，可当明军第二波攻击开始，并且从登陆舰运来不少火炮，此外还有已经进入港口的明军战舰开始向城头猛烈开火后，巴达维亚的守军意志很快崩溃，再也守不住了。
短短不到一个时辰，缺口就被打开。随着先登上城墙后，城头的守军勉强抵抗了一阵后开始了溃败，随着这个缺口的打开，无数明军争先恐后杀上了城头，荷兰守军节节败退，明军很快占领了一处城墙。
假如没有内乱的问题，巴达维亚的指挥正常，再加上坚固的城防和守军，明军想攻下巴达维亚绝对没有这么容易。可问题在于明军挑选的时机实在是太好了，恰恰在城内大乱，双方大打出手，尤其是董事会驻地开始突围，总督府的卫队追杀的时候明军突然进攻巴达维亚。
这个时候，无论是董事会还是总督府都来不及反应，更何况他们都没能掌握住城防部队呢。而一直采取中立的卡佩伦将军同样也是如此，由于他没有第一时间站出来表态，更因为中立的缘故放任双方火拼，就连军营那边也没派人掌控，这就导致了巴达维亚的城防指挥出现了漏洞，等到明军开始进攻的时候，这才恍然大悟，可这时候已经晚了。
当明军拿下城头，打开城门的时候，巴达维亚城内的三方势力这才恍然大悟，但一时间要收手联合起来反击明军也不可能。心怀鬼胎的各人都害怕对方借统一指挥的间隙顺手干掉自己，怎么可能眼睁睁看着对方掌控局面？
就这样，乱局非但没有结束，还因为明军的出现变得更乱了，这使得明军攻占巴达维亚的军事行动异常顺利。随着城门的打开，明军主力开始入城，对城中的军事力量进行扫荡和剿灭，此时此刻，无论是赖尼斯总督还是雅各布董事，又或者卡佩伦将军，只能带着人各自为战，想办法阻拦明军，同时朝着东南方向开始撤退。
这一仗从临近中午开始，一直打到太阳落山，随着明军的攻势如潮，巴达维亚的抵抗最终被逐步压制，等到天黑的时候，巴达维亚基本被明军所占领，驻守部队大部分投降，至于还在顽抗的守军包括董事会和总督府还有卡佩伦将军的卫队他们的后路也被明军所堵死，无处可逃的对方彻底覆灭已只是时间问题了。
很快传来消息，卡佩伦将军和雅各布董事先后投降，前者因为中立的缘故根本就没做好战斗准备，当明军攻进巴达维亚的时候，卡佩伦将军已经来不及接管军权了，他所率领的卫队只能勉强抵抗而已。
至于雅各布董事，自从突围后身边的人已是伤亡惨重，
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