故事承接前作。
暗影大帝借助小樱的异化之躯，获得了难以想象的力量，妄图献祭霓虹大陆，成为“超越神”的存在。
最终被雄兵连打败！
小樱牺牲自己，保全了整个世界。
在电影最后的彩蛋环节中，一团碎肉被检测出生命反应，逐渐凝聚成心脏的模样。专家破解了“异化细胞”的奥秘，原来这是一种外星文明制造的“资源收集器”。
这一段彩蛋，也被观众视为“小樱复活”的预告。
毕竟黑猪叔叔说过，只要“凋零之花”手办卖得好，小樱绝对、绝对会复活！
孟叔叔从不骗人。
他答应的事，无论如何都会做到。凋零之花手办卖得这么火，小樱在《雄兵连Ⅱ》中复活，这是毫无悬念的事。
在本作中，破解完小樱体内的异化细胞后，专家们利用“培养皿”，打算人工繁殖出一只小樱。
计划进行得很顺利！
投入各种金属、矿石、放射性物质后，那团“心脏状碎肉”很快就繁殖为肉球，小樱复活有望！
可这时候，来自黔州天眼的一则消息，惊动了整个世界。
一艘神秘星舰，正以极快的速度逼近太阳系！
研究异化细胞的专家，被紧急抽调至别的项目。小樱的研究所，变得冷冷清清，没有任何一个人。
这时候，肉团破开了！
一只白嫩的小手伸出，身无片缕的银发小樱爬出肉团，隔着一层玻璃呆呆地望着眼前的一切。
她轻轻一点，玻璃炸裂。
小樱离开了！
没人知道她去了何处，现在是什么状态。陷入“外星人入侵”危机的地球高层，这时候也管不上小樱逃走了。
雄兵连再度集结。
为了应对“极有可能”发生的外星入侵事件，地球高层不仅召回了原有的战士，还从霓虹征召了“假面骑士”。
他们分别是1号、2号、V3、强人与亚马逊。不要问X怎么没来，神敬介这家伙档期排不开呀！
除了假面骑士外，本次新增的战士，还有获得“法界秘宝”，可以用魔法净化人心的魔力少女五人组。
一共增加了10名战士！
加上之前的四灵战士、铠甲勇士、小魔仙与超级战队。观众调侃的“雄兵连升级为雄兵营”，终于变成了现实。
下一作，估计是雄兵团了！
外星战舰逼
…。。