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可由于所部仅有五千兵马，少量马卒又在与红夷马卒交锋时折损大半，根本无力对红夷主力进行迂回包抄。
仅靠步卒推进的话，又无法阻止红夷向内陆逃窜，郑芝龙也只能加强郑鸣郢所部的兵力，以期其可以速战速决。
这样一来，郑军在东岸就部署了六千人马，在大员岛先后用兵一万三千，在北线尾岛驻有五百人，在前进基地的澎湖约有六千五百人作为预备队。
郑芝龙并未将澎湖驻军全部调到前线投入战斗，一来是因为眼下步卒的作用并不显著，二来则是考虑转运的问题。
一旦郑军在下一场风暴来临之前，无法攻克热兰遮城堡，那么所有兵马都须从前线撤离到澎湖躲避风暴，然后再卷土重来。
大员岛也无法驻扎太多的兵马，对物资供给压力过大，即便郑军可以依托强大的海运能力进行补给，但要维持一万多作战部队的日常作战所需，各种消耗也是极为惊人的。
最重要的是，郑芝龙担心从大员湾溜走的荷兰舰队并不会去往马尼拉或者巴达维亚，而是会在海上对郑军的补给线进行袭扰，大幅度的牵制郑军对大员岛的进攻。
红夷俘虏只是说他们的舰队在郑军抵达之前便已经全部离港，具体去向无人知晓，只有高级军官或者文官才会知道这种军事机密。
处于老本行的直觉，郑芝龙认为这支红夷舰队已经极有可能北上，去往福健沿海进行劫掠，说不定在老家坐镇的郑芝兰很快就有消息传来。
红夷舰队有一个得天独厚的优势，那便是现在刮南风，只要郑军舰队在发现红夷战舰后进行追击，那必须要逆风向南航行。
而红夷利用其战舰逆风航速快于郑军战舰的优势，可以轻而易举地摆脱郑军战舰的追击，在逆风的条件下，郑军战舰是绝对撵不上红夷战舰的。
凭借这个优势，红夷舰队便可以在福健沿海为所欲为地对过往船只进行劫掠了，除非郑芝凤的舰队回援，能与红夷舰队迎头撞上。
郑芝龙也建造了多艘盖伦式战舰，就是明人所称的“夹板船”，船只外型与荷兰红夷所用的一模一样，只不过所使用的仍旧是明式硬帆，而非西式软帆，故而航速无法得到提升。
这也是郑军将领都惊讶于红夷能够在两个月之内，便可从大员逆风驶抵远在南洋最南端的巴达维亚的原因所在。
作为全军主帅，郑芝龙要对诸多事情做通盘考虑，逃走的红夷舰队便是郑军的心腹大患，不得不防。
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