皇帝和张居正改变祖宗家法：“诗咏繇章，书言率祖。迩年以来，建白者炫奇，题覆者狥私。今日以某言立某法矣，明日又以某言而罢之；今日以某言更某法矣，明日又以某言而复之。法令滋更，从违糜定。”
余懋学还是有理智的，他没明说皇帝改祖宗家法。他说张居正、葛守礼、王国光等辈“建白者炫奇”，提的建议、建言不靠谱，以“炫奇”形容之。
至于皇帝，他说“题覆者狥私”，明说司礼监，但朱翊钧看来，他已经是指着鼻子骂皇帝了！因为余懋学紧跟着就说“愿陛下申饬群臣，恪守成宪！”
余懋学共说了五条，朱翊钧最敏感的是他说的第四条。因为这给事中把朱翊钧要改“成宪”的目的大白于朝廷，给“虽不言变法而变法”的施政增添了不必要的阻力。
而让张居正极端恼火的，是余懋学说的第五条，即曰防謏佞。
余懋学说：“近见某部题覆边功往往首列阁臣，盛夸督抚。然犹曰运筹宣力，例当叙也。至涿州桥工告完，天下明知为圣母济人利物之仁，而该部议功乃至夸述阁臣、司礼之绩。例虽沿旧，词涉献謏。夫周公之功固大矣，皆臣子之分所当为！”
生怕朱翊钧看不明白，余懋学进一步阐述给皇帝看，您的圣明、仁慈都被张居正用来给自己脸上贴金啦。
“近臣懋赏，简自帝心。引贪天功而谓己力，则智者不居焉。愿陛下申饬该部，题覆功次只宜直述......上请优赉......至于阁臣翼赞之勋，近臣侍卫之劳，则圣衷夙鉴，国典具存，尤不得辄加赞扬，以长謏妄。”
余懋学在这里，近乎赤裸的离间朱翊钧和张居正。他告诉朱翊钧，督抚取得功绩，从不说您的圣明领导，都说是张居正“运筹宣力”。
不管啥事，督抚和各部只要表功，都“循旧夸张，炫燿视听”来夸述阁臣、司礼之成绩。余懋学通篇奏章，点睛之笔在此：“夫周公之功固大矣，皆臣子之分所当为！”