潘季驯被参倒前为工部侍郎衔，此次被起复为工部左侍郎，并任治河协理大臣，负责治水的具体任务。
王国光负责协调朝廷各部和跨区域各省分工协调工作，张居正对治水工作负总责。
为了确保落实，朱翊钧又下旨，抽调各部精英，组建了治水专班。专班将张居正的考成法进一步深化，列出了要完成的各项治水指标，倒排工期，先分解任务到部、到省，随后层层分解，最终落到官员个人。
都察院、大理寺也抽调专干，加入治水专班，成立了十个督考小组，拿着工期表、任务表、责任表，层层考核。
自太祖以来，朝廷文武官员没见过这般阵势，这次算是开了眼。就算开基二祖东征西讨那般军国重事，当时朝廷就某转运事项也都是设立专责大臣而已。专责大臣怎么管手下，皇帝并不干涉，只要完成任务，到时候该叙功的叙功。
如今见皇帝和张居正把考成法给玩出了这般花样，文武百官一个个都暗思自己以前太天真了——余懋学这个傻缺，这时候再谏言不迟啊？
可惜随着张四维的入阁，余懋学已经在狱中生病死了，再也没有办法发声了。其余给事中看见了这个现成例子，且皇帝早就有言在先，谁还敢就考成法出声？——又考不到他们头上。
朱翊钧主导专班的成立，给张居正也上了一课。他原以为自己设计的考成法已经很牛掰了，对官员也算的上苛刻。
没想到皇帝居然推陈出新，把考成法的潜力挖掘到这种程度，与皇帝相比，自己推出的考成法有点松，对官员简直很好了。这样一寻思，张居正差点被自己感动了。
这种治政思路，非浸淫官场多年的老吏绝对想不出来。这皇帝到底是圣聪天纵还是身边有能人？张居正观察不出来，也懒得猜，反正这法子好用就行。
这加强版考成法出台后，背上了任务的各级官员也都醍醐灌顶了。除了让自家夫人用布做个小人，写上张居正大名每天用针扎以外，全体有样学样，层层分解落实到人，自家先自查考核起来。
为了激励各级官员勤勉办差，朝廷并不是一味苛刻。专班成立之后，又设立了奖惩制度。罚则和朝廷以前考核所定罚则并无不同，这奖励制度很人性化：
凡在治水工程中表现优异的，立即提拔一级以上使用，若为整个工程做出重大贡献的，除了升级、赐服等常规荣誉外，现金奖励一律加十倍，上限一万两；
因治水过程中，多数官员身兼两职，因此工作量几乎
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