下狱，就已经够可以了，没想到皇帝召开临时朝会，一口气罢了两尚书、两个侍郎，一堆杂鱼也全被廷杖！
张居正虽然可见皇帝要厉行变法的决心，然而王用汲的死谏，也确实吓着他了。有明一代，大臣集体辞职逼宫张居正闻所未闻；而王用汲的当朝撞柱，张居正也仅从史书得见——这样的人，史书记载全部都是忠臣，而被其弹劾的，基本上都是些反面人物。
本来应该立即复出的张居正有些退缩了，他深刻的体会到守旧势力的强大，在家中对长子张嗣文说道：“皇上虽然圣明，然谗言日哗于耳，即使不能为之投杼，而为父以身俯谤，岂臣节所宜有乎？”——诽谤之言众多，虽以曾参之贤，而其母投杼逾墙而走，皇帝对我的信心能保持多久呢？说完这话，张居正几乎落泪。
张嗣文听了父亲的真心话，哭道：“父亲为相五年，国事起衰振隳，以儿子观之，您已跻身国朝名相之列。皇上此番操切为政，欲行大变法——儿子观皇上给父亲的变法纲要，翻天覆地之变也！您何必负疑谤于身，行不可为之事？”
于是，张居正在纠结矛盾的心情中，于大朝会第二天再上一奏疏求去。其言甚哀：“伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归。博求庙廊山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而不恶于众者，在皇上任之而已......”这回是真想撂挑子不干了。
朱翊钧览奏后，无奈之余亲笔写了一封信道：“先帝以朕幼小，托付了先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳苦，不避怨谤，不居功劳，皇天后土祖宗必共鉴知。些许畜物为党丧心，狂发悖言，动摇社稷，自有朕为先生做主。先生不必如此介意，只念先帝顾命，朕所倚任，以保安社稷，兴革天下为重，即出辅理......”
又派身边管事太监孙隆，带着表里八件，御酒四瓶以及玉佩一件，将信送到张府。
张居正见孙隆来，也在意料之中，吩咐摆香案接旨。孙隆道：“皇爷特意嘱咐奴婢，此非旨意，乃信也。”将朱翊钧亲笔信交给张居正看了，张居正净手捧读后，当着孙隆的面涕泪交流，虽未答应复出，但心意再次动摇。
此后几天，朱翊钧连续派身边人送东西，传口谕，温言抚慰张居正。张居正推辞不得，且也有雄心，终于在四月初三日，对再次到来的孙隆表态，复出视事，开始变法！