耕织为主的生产力和宗族纽带为基础的上层建筑却几乎没有任何改变。
初级工业品的社会化生产已经在城市里将原有的手工业摧毁殆尽，漳州民变就是典型的例子。通过多种政策压制危机的朱翊钧明白——新生的资本亟待扩大市场。
不管皇帝愿不愿意，资本的触角将向乡村延伸，吸纳新的劳动力的同时扩大消费市场，但是自给自足的小农经济是无法提供这些的。因为这需要大幅度提高以自耕农为主体的农民的消费水平。
涉及到如此宏观的经济政策调整，不由得后世的小处长有如履薄冰之感。但后世中国有一个现成的经验，朱翊钧可以直接抄袭——大规模的基础设施建设。这种“一力降十会”式的资本定向漫灌政策，将极快的催生城市，并立竿见影的改善农民的生活水平。
基础设施建设需要海量的资金，但资本家不可能主动掏出来。由此引出了朱翊钧进行税改的第二个动机——增加税收，以提供基础设施建设资金。
第三个动机就是解决土地兼并问题。朱翊钧将税改和“土改”放在一起，要的是二者之间的互相促进作用。因为基础设施建设除了需要资金，还需要土地。没有土地基础的设施建设代价极其高昂，具体参见加州高铁项目——朱翊钧在党校里面学过的。
以养心殿君臣交锋引发的第二次万历大变法由是发端。整个顶层设计是极其宏大的——朱翊钧拟在全国发起大讨论，并广泛的汇聚民意。张四维的书房谈话，不过是大风起于青萍之末。
这个顶层设计的实现还有一个十分必要的前提，就是皇帝对全国经济具有绝对的掌控力。在大变法之前，大明没有成规模的工商业联合体，掌控力不成问题，但没有实现这个顶层设计的条件；大变法之后，崭新的资本家已经大量诞生——带着大量封建行会残余的大商帮就是鲜明的例证。
因此，朱翊钧不能容忍合盛元——这个晋商银行脱离掌控之外。与内阁总理大臣的交锋不是他对利益斤斤计较，而是不允许金融业脱离皇帝的掌控之外。
接近后世金融运行模式的银行业在朱翊钧的拔苗助长下已经诞生。不同于没有穿越者指导的金融资本自行探索，朱翊钧首先将金融业带入现代化是为了更好的服务于工商业的发展，这正是他深思熟虑后做出的极其重要的决定——因为银行业既与经济发展密切相关，又是一个可以提前催熟的行业，因为这行业不涉及实业生产，制度上的严密和管理上的成熟只会让朱翊钧掌控实体经济更加自如。
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