心骨干在申时行的激烈反对下，没有入狱判刑，但丢官罢职却免不了。李植、丁此吕、吕东之等党徒或被降级，或被调去安南、缅甸等帝国边陲。
申时行杖毙宋九，“出卖”了沈一贯，在风雨飘摇中坚决不辞职，最终仍保住了副相之位。
万历十五年年底，清正伯爵海瑞在京师去世，帝甚惜之，以侯爵之礼赐葬。政事堂请旨谥其“忠介”，皇帝以“世人以耿介视之，朕视其‘镜鉴也’”，因此改其谥为“忠正”。
本时空的万历十五年，波澜不惊的度过了。
原时空黄仁宇截取的几个影响历史的截面与本时空相比，已经完全不同：张居正并未得到清算，万历新政升级为万历变法，仍在如火如荼的推进着；帝国面积扩大了数倍，东北、西南进行了大开发，土地矛盾因之得到极大缓解；因为初级工业化的深入，手工业正在向集中生产过渡；
因为银行的成立和龙元的发行，匹配这生产基础的金融体系也生长出来；因为格物院的成立，科技出现了井喷；因为专利法律的颁布，生产技术得到了长足的发展；
大明声威重振，从朝鲜、日本一直到满剌加，无人敢于轻慢；从东北、西北一直到罗荒野，帝国如同一个终于健康了肌体的巨人，向属于人类的海洋和广袤土地伸展出来两个硕大的拳头
万历十六年春三月十六，圣驾自京师起行。此次南巡，为免地方迎驾靡费，大部分行程在运河。
万历四年漕运改海，朝廷继续保留运河衙门协调各地维护运河畅通，并改钞关税为地方税，允许沿河各省收过河钱。因船运加上钞关之费后仍远低于陆路，因此没有了漕运功能的运河繁荣依旧。运河所在地的地方官无保漕之责，而有关税之惠，立成天下第一等的肥缺。
过了年，政事堂即将钧旨下达，将皇帝南巡的大致路线和时间通知各省。随后皇帝也专为此事下旨，要求各地不得大兴土木，擅建行宫，靡费民力。
因南巡经过皇后家乡苏州，故李太后就没有与皇后相争这陪伴的机会。而皇后在侧，朱翊钧也不好意思带太多妃嫔，只能由皇后选了几个老实巴交的伴驾。
陈太后本来要凑热闹，奈何入春之后咳嗽不断，身体难以支撑，只好陪着李太后在京师守家。太子已经十一岁，身体康健，此次也得以伴驾南巡。
有大臣劝谏皇帝留太子监国以备不测，被朱翊钧大骂一通后，再无杂音出来。至于伴驾大臣，与皇帝第一次北巡塞罕坝时不同，此次除罗万化等少数几个留守
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