为以上种种原因，最后遭到万历帝报复性清算。
世间，没有几人能够像张居正始终谨遵臣子之道，没有更上一步。所以杨侗成立的内阁，不会给予内阁执政和决定权，更不会把主异权集中到一人之手。
当然了，关键还是要完善好了，然后形成制度化，用制度将权力分配明朗化、明确化，规定哪些事情属于内阁、哪些属于朔望朝会、哪些要皇帝决策，又由哪个机构决策、审核，最后再把各种细节归类，最终以制度规定下来。这也是杨侗以后要做的事情，他准备用十年时间来完善权力分配制。
至于子孙后代会不会另外开辟新的部门，就不是杨侗所能管的了，他能够做的就是开创，由后人自由发展。
“微臣认为可以试行！”杨恭仁表态。
“臣附议！”
“臣附议！”
“尽快推荐合适人选。”