学生在国子监的功课内容有《御制大诰》《大明律令》、四书五经、刘向的《说苑》等。
其中，最重要的是《大诰》。《大诰》是由朱元璋自己亲自写的，一笔一划中洋溢着朱元璋的政治思想——封建君主专制。
《大诰》还有续编、三编、《大诰武臣》，一共四册。主要内容是列举所杀官民的罪状，使官民知道和朝廷对抗的悲惨下场，警告官民老老实实地服从朝廷的命令。
洪武十九年以《大诰》颁赐监生，二十四年令“今后科举岁贡生员，俱以《大诰》出题试之”。
礼部行文国子监正官，严格督促学生熟读《大诰》，以资录用，有不遵者，以违制论。违制是违抗圣旨的法律术语，这罪名可是杀头的大罪。
至于《大明律令》，既然国子监的学生以后都是要当官的，所以《大明律令》是必修的科目。
四书五经是儒家的经典书目，治国平天下的大道理都在里面。孔子思想的核心是“礼”，克己复礼，尊王攘夷，很符合封建统治。
而且，儒家思想强调“君君臣臣，父父子子”，注重下位者要服从上位者的权威，很对朱元璋的胃口。所以，朱元璋面谕国子监的博士：“一以孔子所定经书诲诸生。”
在四书五经中，《孟子》一书被朱元璋下令删减，因为某些内容不符合封建君主专制。所删掉的部分，朱元璋面谕：“课士不以命题，科举不以取士”。
至于刘向的《说苑》，因为其“多载前言往行，善善恶恶，昭然于方册之间，深有劝诫”，所以作为学生修身的学习书目。
由此可见，国子监的教学内容是由皇帝确定的，学校的教员无权插手。