生子所创，不过此法并不算是邪魔外道和旁门左道，仙流诸派也就任其发展了。
在万宝之雨和气运之法接替成为轰动天下的事情的时候，全真教内已经经过了一次大调整。
凡是全真教下各个道脉宗门里修为浅薄或无缘人仙境界的真传弟子以及下院弟子、外门弟子等，皆得到了全真教真传的神道祭祀之法，而后前往各个下院、道观、宫阙接掌院主、观主、宫主、执事等要职，同时所有的道观、道宫也都重新营造，将灵官殿改为元辰殿，殿内供奉了十二尊元辰神像，还有道观、寺院、书院内供奉清玄祖师的祖师堂内也要请进去十二元辰神像。
子鼠、丑牛、寅虎、卯兔、辰龙、巳蛇、午马、未羊、申猴、酉鸡、戌狗、亥猪，这就是十二元辰之神，也是十二生肖，如今在道教教义中成了护法大神，不仅是道教的护法大神，也是华夏的护法大神。
十二尊神像都是兽头人身，不过所有的道观宫阙的元辰护法殿的十二神像中有十一尊神像没有点睛，只有三头人身，一声金鳞铠甲的戌狗神将最为威风。
按照全真教的宣传说法是十二元辰镇守天地已有万年之久，清玄天尊飞升后派遣十一位天神去镇压域外天魔，所以十一位天师如今不在家，是以虽然众生信众仍旧可以祭祀十二元辰大神，但是真正在家能保佑大伙的还是戌狗护法大神。
全真教在林清玄成为帝君时就开始微微调整教义，后来全真教总管天下道脉后全真教的历代祖师都地位大提升，等到清玄帝君飞升成仙以后更是彻底让全真教整合了所有的道教宗派，而道教的神话传说也在林灵素当年编造的基础上进行了深化改革。
几十年前道教的神话传说中把清玄帝君晋升为天尊，并且地位仅次于三清道祖，与昊天上帝并驾齐驱，一个是统领三界的大天尊昊天玉皇上帝，一个是教化三界的大天师清玄天尊。
由于全真教义是三教合一，所以随着一百六十多年前在林清玄领导下崛起为天下第一派，以及后来成为万法朝宗、仙流祖廷的全真仙教后，天下的儒释道三教也就全都奉林清玄为祖师，三教合一也就在一百多年前成为了事实。
在道教说法里林清玄是开创人能修炼成仙的仙道教化祖师，是跟三清祖师、玉皇大帝、东华帝君、真武大帝等四御同等的至高之神，佛祖释迦摩尼和万世师表的孔圣人都要坐在清玄天尊的两侧，做清玄天尊他老人家教化三界的副手。
虽然儒释道三教合一是儒家佛门和儒家都承认的事实，不过全真教的这种说
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