海陆空全方位进攻，中央神庭内耗严重，疲于应对，力量十分空虚。这时被元皇蛊惑的姚家入侵中央神庭的洛河院，偷取洛图河书，成功取出先天至宝盘古幡。
“洛河院”被毁，自此军队无法开源，兵源急剧缩减，中央神庭公信力跌至最低。元皇以报阴归墟被毁仇为名，一直追杀纪凡。久而久之，知己知彼，纪凡得知元皇竟是九黎魔帝蚩尤一丝元神所化。于是找到中央神庭神尊，阐明欲联合两大势力，将同仇敌忾将元皇斩杀。神尊同意，不过代价就是让需要纪凡在此战之后，进入洪荒，替洪荒人族效力。纪凡答应了。姜月曦知道此事，委身纪凡，欲留其血脉。纪凡不知那夜之事，和姜月曦踏上诛杀元皇征程。沈云成知道纪凡要去诛杀元皇，立即来找纪凡，用天皇一脉所有力量杀元皇，替师尊报仇！
三人合力，元皇被杀，天下太平。可盘古幡被元皇激发烈性，翻天覆地，破坏水蓝星。纪凡知道至宝不能落于本界，便以升级后的面板孤注一掷，将八卦图晋级成太极图，将之暂时制服，最后被纪凡一同通过“阳归墟”带去了洪荒。如今的纪凡已当世无敌，离去前，纪凡告诉六甲秘会九害、中央神庭神尊、议长，可以让山海族天皇一脉有序的进入阳归墟，返回洪荒家乡。不愿意回归的可以留在水蓝星，和人族和睦相处。
自此，水蓝星回归没和平时代，人族和山海族和平共处。人和兽其乐融融，六甲秘会成为了第三方工会形式存在，中央神庭依旧掌管整个水蓝星。版图被一一探索，水蓝星一副四海升平的景象。而纪凡，去到了未知的洪荒，为寻找让两界平衡的办法，开始他第二段冒险旅程。