宦官们听闻此事，当即行动起来，就在光和七年（公元184年）一月，马元义被捕，被最残忍的车裂酷刑处死。根据口供的牵引，辗转杀了一千多人，并通缉张角。由于事出突然，张角被迫提前一个月在二月发难，史称黄巾起义，因为起义者头绑黄巾，所以被称为“黄巾”或“蛾贼”，张角自称“天公将军”，张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”在北方冀州一带起事。
张角仓促间下令起兵，一夜之间，百万以上的农民，掀起暴动。他们用黄巾裹头，以分别敌友。
可惜他们没有料到，这次出现的剿灭自己的汉军，并不像这个政府一样，满是沧桑，反而个个英勇善战，以一敌十。也难怪，公元184年距羌战平息，仅十五年。东汉政府用以讨伐羌部落的军队，恰好用以讨伐黄巾。那些凉州（河西走廊）部队在血腥中成长，强悍善战，特别是经过与马背上的民族羌人的战争，不仅余下来的军队人人擅长骑射马战，更有大批的羌人投入到汉军之中，为汉军的强大注入了极强的生机。没有经过训练的农民们，面对这群虎狼之师，虽然有刀枪剑戟在手，却和手无寸铁没有任何两样，坚持不久便兵败如山倒。而正在此时，张角因为其最为钟爱的弟子马元义的被杀，而伤心不已，大病之下溘然长逝，失去领导中心的黄巾军很快就被汉军瓦解。
最高领导人张角已经病死，汉左中郎将皇甫嵩在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，歼灭十多万黄巾军，黄巾之乱平息。
于是这一历史性的农民暴动，只支持了十一个月，就被分别击溃。然而，这个世界却再也不能恢复原状了。汉政权的权威遭到了严重的挑战，汉帝国的统治阶级腐朽不堪，以致没有任何途径可以解救他们；更何况黄巾起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的
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