隆庆时期在此一基础上又取得过较为明显的阶段性成果。
隆庆时期，曾较大规模地开河修水利，这主要由于两个目的：一为缓解多年为患的水灾；二为解决南粮北运的严重堵塞问题。在缓解水灾方面，当以海瑞任应天巡抚时，大力修浚吴淞江、白茆河，引水入海的工程为最重要，且他将赈饥与修水利相结合，亦对稳定东南地区社会秩序有良好效果。
恢复海运，海外贸易，贵州土司安国亨因淫虐仇杀引起动乱，贵州巡抚王诤调总兵安大朝讨伐安国亨，反被击败。朱载坖在高拱的建议下及时改任巡抚阮文中，贯彻了祖训“不可因恶累善”“惠威并行”“抚之以安静，待之以诚意，谕之以道理”的原则，使事态迅速归于平静。
在即位后日益放纵的情况下，朱载坖的身体也每况愈下，于隆庆六年，朱载坖得病且手腕上有热疮，朱载坖又命太监让高拱守在宫中不要离开，高拱拉上张居正一起留下，五月二十二日，朱载坖病情加重。
为此，曾在江南地区引发过一场“拉郎配”的风潮。
二十五日下午，朱载坖病危，传阁臣高拱、张居正、高仪进乾清宫，领受顾命，辅佐年幼的太子朱翊钧。
此时朱载坖已不省人事，第二天卯时就驾崩于乾清宫。
七月初三日，群臣上谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，庙号穆宗。九月葬于明昭陵。
朱棣此时在徐秒云边说边记录在一道圣旨之上，当朱棣发现说道朱载坖死后，就让她接着说下一任皇帝的奇葩一生。
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