从万历二十年到二十七年，朝-鲜遭到日（倭寇）本侵略，王京陷落，八道失陷七道，仅靠近明朝边境义州一带尚存。
朝（zhao）鲜危急，请求明朝援助，“请求援助的使者，在路上络绎不绝”。朱翊钧鉴于唇亡则齿寒，决定派兵到朝（zhao）鲜，援朝抗倭。这场战争时断时续，前后进行了七年多。
最后，倭寇因丰臣秀吉去世，将侵朝倭寇军撤出朝（zhao）鲜，明军战胜而归。
因为常年的战争对明朝的财政造成了十分沉重的负担，经过张居正新政得到的财富也在万历三大征之中烟消云散，朱翊钧开始让太监担任矿使，四处搜括民脂民膏，导致多年后辽东地区后金崛起，开始不断南下大明。
三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成。辽东战争每年约需银四百余万两，朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，自万历四十六年九月起，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。
明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始。
加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展。
朱翊钧导致民怨沸腾，终于在萨尔浒战役之中大败，导致大明开始衰落，之后朱翊钧开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。
在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。
万历四十三年五月初四日酉时，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。
因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。
朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。
至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财。
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于
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