当时，叛军听闻明军檄湖广土兵抵达，均逃匿深险之中；又听闻卢苏、王受归降，王守仁进驻南宁，故以为王守仁以散遣诸兵布阵，于是防备弛缓。
至此，湖广兵皆偃旗卧鼓驰马抵达，与明军一同突进，四面夹击。叛军大败，于是退守保仙女大山，据险结寨。
官军攀木缘崖仰攻，并随后连连攻破油榨、石壁、大陂等地，直击断藤峡。
随后王守仁密檄诸将移兵剿仙台等贼，分永顺兵、保靖兵各自进剿，约定在五月十三日抵达巢穴。叛军退守永安力山，仍然被王守仁围困的大军打败，溃军为副将沈希仪斩杀。
至此，断藤峡叛军几乎全尽。
平乱后，王守仁因肺病加重，向朝廷上疏乞求告老还乡，推荐勋阳巡抚林富代替自己，不等朝廷的批复就回去了。
嘉靖七年十一月二十九日卯时王守仁病逝于江-西南安府大庾县青龙港（今江-西-省-大-余-县-境内）舟中。
王守仁临终之际，弟子问他有何遗言，他说：“此心光明，亦复何言！”
王守仁丧过江-西-境内，军民都穿着麻衣哭送王守仁。
先前因平定宁王叛乱封特进光禄大夫、柱国、新建伯。
追赠新建侯，谥文成，从祀于孔庙。
在王守仁死后严嵩等人开始一个个出现，没有了王守仁压制为了缓和社会矛盾，采取厘革宿弊、振兴纲纪等改革措施，下令退还一些被侵占的民田，汰除军校匠役10万余人，史称“嘉靖新政”。
但是朱厚熜不久边在防费用日益增加，加上大兴土木、迷信祷祀，导致皇帑日益削减。各个行业凋敝衰落，甚至变卖寺田，收赎军罪，尚且不能满足国家的财政需要，可见财政经济已经到了崩溃的边缘。
朝政日渐腐化，由于国家承平日久，明世宗朱厚熜逐步丧失进取精神，日益腐化，滥用民力大事兴建，而朱厚熜为了神化自己加封道号：灵霄上清统雷元阳妙九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁—阳真人元虚玄应开化伏魔忠孝帝君”，再加号“太上大罗天仙总掌五雷大真人玄都境万寿帝君”。又自号“雷轩”，“天池钓叟”。
于嘉靖十三年，吕经升为都察院右副都御史，巡抚辽东。
在此期间，他革除旧制，削减军队余丁，回收军马草地，以减轻人民负担。
具体做法是将原供养一个军士收三丁的赋税供给削减为一丁，并将原拨给每匹军马50亩牧草地收归地方，还派兵修筑长城
…。。