天气渐渐暗了下来。蒲师文眼见清晨时还整齐有序的船队，此时已变得七零八落，不由得悲从心来。他此时才明白，战局早已在流求海军的掌控之中，他们是在用类似于蒙古人的骑射战术在围猎自己。再这样下去，只怕到了明日，麾下的船队便都将被打断桅杆和船帆，成为待宰的羔羊。
思量再三，蒲师文决定趁夜撤退，至于那些失去行动能力的船只和上面的水手，只有听天由命了。眼见海匪退去，廖泥鳅那里肯放弃。他留下一部分战舰解除那些失去动力海匪船只的武装，并将其俘获，自己则率主力舰队航行追赶逃跑的海匪船只，并用火炮一路驱赶着它们往澎湖方向而去。
蒲师文率领剩下的海匪船一路往南逃窜，在此过程中他虽然曾几次试图转向西边大陆方向，却每每被流求海军堵住去路，就像被牧羊犬驱赶的羊群一样。眼下蒲师文仍有三百余艘船一千多名水手，廖泥鳅麾下只有六十余艘船，士兵也不过一千余人。仅从纸面数据来看，流求海军对海匪并没有优势，反倒处于劣势。
只不过海匪的三百余艘船中，倒有一大半是运粮船、运水船等辅助船只，战斗船只主要是一百余艘用来跳帮作战的斗船，面对火炮的远距离打击，毫无还手之力。有侥幸冲到近处的，也被流求的轻快护卫船拦截。海匪适合远程打击的火炮战船和弩炮战船，此刻正漂浮在台中的海面上，被流求海军逐一解除武器，押往岸边。
虽然蒲师文努力维持着船队的阵形，但惊慌逃窜之下，仍然有不少船只掉队。这些掉队的船只多是航速慢的运输船和输助船只。对于这些船只，廖泥鳅下令将其桅杆打断，等待台中方向的船只来俘获。海匪即便水性再好，也不敢在这茫茫大海之上弃船而逃。即便要逃，他们也只有逃往二十余里外的流求岛，而不是逃往二、三百里之外的大陆。
海匪皆是亡命之徒，那里甘心被一路驱赶，又发动了几次小规模的反扑，无一例外被击退了。流求的护卫船不仅速度快，还装有撞角，将试图偷偷往西逃跑的海匪船只撞得支离破碎。绝望之下，有几艘海匪船只竟然径直冲向东边的流求岛，在坐滩之后弃船逃入丛林之中。对于这些海匪，廖泥鳅并没有理会。饥饿、疫病、野兽和食人生番会对付他们。
眼见打又打不过，向西逃窜之路又被堵住，士气也越来越低迷，蒲师文只得一路南向。他给手下打气说，只要到了澎湖，便可据岛而守，还可以与台南的孙胜夫部合兵一处。澎湖粮草辎重充足，只需坚持一段时日，待泉州方面的援军一到或沿海制置司水军
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