散而逃的海匪船只中，有一艘斗船慌不择路之下逃到了台南。孙胜夫闻知大吃一惊，将这艘斗船上的七名海匪全部斩杀，试图封锁蒲师文大败消息，只不过已经迟了。恐慌情绪已在海匪之中蔓延。孙胜夫无可奈何，只得一边放弃对台南堡的包围，将营垒往内陆移动，以避免即将而来的炮击。另一方面又派人前往台中向尤永贤通报信息。
尤永贤在夏大根阻击之下前进不得，中间又有台中堡阻隔，故其虽然通过小股探子得知双方船队在激战，后又离开台中海域，并不知道双方胜负情况，更不知在澎湖海域海匪船队的惨败。他还在翘首以盼蒲师文拿下台中堡之后，前来救援自己。虽然他手下的匪徒在人数上仍占据着绝对优势，但炎热、疫病和粮食不足，已让其部战斗力大减，再无力组织进攻。
流求海军大获全胜，实际上已经宣告流求战役接近了尾声。打败了蒲师文所率的海匪主力船队之后，流求舰队已经牢牢掌握了制海权，不仅对登陆上岛的海匪形成了关门打狗之势，更切断了他们的补给线。按照余柱的命令，廖泥鳅和张宣只需严密封锁海岸，李杆子和夏大根仍然坚守不出。岛上的海匪粮草断绝之时，便是流求军发动反攻之时。