伯颜身死意味着伪政权的覆灭。夺下临安城后，欧阳轩又下令诸军前去扫荡伪政权残余势力。大军兵锋之下，伪政权的余孽纷纷投降，负隅顽抗的遭到无情打击下，只有少数死硬分子裹胁着百姓，逃入深山老林。到霹雳二十年七月之时，数十万伪军被消灭，伪政权统治体系也灰飞烟灭，江南诸路的州县城头皆插上了霹雳军的旗帜，绝大部分地域也被霹雳军控制。之所以是绝大部分，是因为仍有两支伪军在福建路、江南西路和广南东路的几个州县活动
在福建路和江南西路交界处活动的是阿剌罕所率的残军。从临安前往福州之时，阿剌罕手下有一万精锐，另有数万运送粮草的民夫。经过一系列惨败之后，其士卒只剩下了三千人，而民夫皆尽逃亡。福建与江西交界处山高林密道路崎岖，借着复杂的地形，他们屡屡逃过追击，数次跳出霹雳军设下的包围圈，甚至给追击的霹雳军造成不小的损失。只不过这里人烟稀少，田少地贫，根本就搜刮不到多少粮食，其余物资补给更是无从谈起。如此困境之下阿剌罕仍不肯投降，为了摆脱缺粮困境，他派人四处抢掠。虽然山中寨子险固，民风又剽悍，强攻之下损伤不小，但总比过饿死强。阿剌罕还下令杀马充作食物，除可以节省粮食外，也因为山区地形并不适合骑兵作战，留着战马反而会消耗大量的粮食。
追剿阿剌罕也令霹雳军颇为头痛。敌人在茫茫大山之中踪迹难寻，即便发现人员踪迹，还未靠近敌人便远远遁去。更要命的是崇山峻岭之中辎重运输殊为不易，运输火炮更是十分艰难。而如果没有火炮，敌人可以凭借地形优势阻挡大军前进，更何况阿剌罕还在伏击洪福时缴获了包括机枪在内的不少武器。虽然敌人对这些武器操作不熟练，弹药量也不多，却也对追击的霹雳军构成了极大的威胁。唯有火炮将运来前线才能让击破敌人，但这样又会大大拖慢进军的速度。
欧阳轩深知山区剿敌难，特别是阿剌罕采取流窜作案，这种类似于游击战的战术极难对付。为此他下令采取四面合围之法，在交通要道筑堡，将敌人包围在两三个县的地域内，以步步紧逼的方式逐渐缩小包围圈。除此之外，霹雳军还派人潜入各山寨，侦察伪军的活动情况。霹雳军情报人员带去的手雷、地雷等火器，也大大增强了各山寨的防御力，使得伪军抢劫山寨的难度大大增加。为了几日的口粮而死伤惨重，这种赔本的买卖，对伪军来说实在是得不偿失。
另一股残存的是在李恒所率的八千伪军，他们在播州军的追击下一路狼奔豚突。自被杨邦宪驱离韶州之后，
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