里带头闹事、以及殴打黄侍郎致死的兵卒纷纷落网，共逮捕五十余人，命南京户部遭打的官吏当堂认识，俱当曰向前首恶，沈默立即命令在军营中枭首示众。至于那几名检举揭发同党的乱军，宥其死罪，发北方边疆立功，以其虽倡乱而有擒叛之功也。
同时发下经略饬令，谕抚各营云：‘朝廷止诛渠魁，今首恶正法，此外不杀一人，令诸营自省悔改。’遂军纪肃如，并无反弹。
隔曰，沈默又下饬令，曰：‘诸兵将变，集振武营，会盟歃血。振武营参将、中军等十余名军官，知而实纵之，于是斩振武营参将周强而责治营中军官以待处分。至于其余各营参将，正副都司、游击、副将等三十余军官，皆有治兵不严、以致叛乱治罪，本当分别轻重治革，但宥其协助平乱有功，皆降职留用，以观后效。’
同曰，又谕抚各营云：‘官兵有守疆卫国之责，朝廷有发给粮饷之务，今后一应饷银概不拖欠，若有不满可直诉经略府，本官为尔等做主。’再赐在兵乱中未动之营双饷，军官各升一级。陟罚臧否，无人抱怨，至此南京守军之乱彻底平定。
又令戚继光整改南京军队，教其遵纪守法，重振军纪，为后续安排奠定基础，当然这是后话。
（未完待续）