仍官复原职，这不是不公平是什么？”宋太宗把这件事问王沔，王沔叩头谢罪，于是宋太宗严厉批评了王沔，并且知道寇凖可用。当即任命寇凖为左谏议大夫、枢密副使，改任同知院事，开始直接参预北宋朝廷的军国大事。
寇凖在枢密院与知院张逊发生了严重的意见分歧，一天，寇凖与与温仲舒一起外出，在路上碰到一个疯子迎着他的马喊万岁。判左金吾王宾与张逊向来交好，张逊就嗾使他把这件事禀告宋太宗。寇凖引温仲舒作证，张逊让王宾单独上奏，言辞很严厉，并且互相指责对方的短处。宋太宗很生气，贬谪了张逊，寇凖也被免官任青州知府。
但这时宋太宗已离不开寇凖了，寇凖去青州后，宋太宗闷闷不乐，经常询问有关寇凖在青州的情况。第二年，寇凖就被召回京师，拜为参知政事。至道元年（995年）又加给事中。
当时宋太宗在位日久，一直未立皇储。这件事也一直是令宋太宗头疼的事情。因为宋太祖驾崩后，其子德昭未能继位，宋太宗以皇弟身分践祚，并且宋太祖之死还有“烛影斧声”之谜，也就是说宋太宗有杀兄夺位之嫌。因此宋太宗传位，就面临两个选择：立自己的儿子，还是立太祖的儿子。当时一般大臣都讳言立储一事。大臣冯拯曾上疏请立皇储，被太宗贬到岭南。从此朝野上下很少有人再敢议论此事。
寇凖刚从青州还朝，入见宋太宗。宋太宗当时正患足疾，让寇凖看过伤情后，深情地问道：“你怎么现在才回京？”宋太宗觉得有点过意不去。接着宋太宗便向寇凖问起应立谁为皇太子。寇凖已猜到宋太宗这次召见他的目的，他早已成竹在胸，但他并没有直接回答宋太宗的问题。
寇凖塑像寇凖说：“为天下选择国君，不能与后妃、中官（宦官）商量，也不能与近臣谋划；应选择众望所归者立为太子。”宋太宗低头想了好久，屏退左右的人，轻声问道：“襄王怎么样？”寇凖心中暗喜，便顺水推舟地说：“知子莫若父。陛下既然认为襄王可以，就请决定吧。”第二天，宋太宗便宣布襄王赵恒为开封尹，改封寿王，后立为皇太子。
宋太宗与太子拜谒祖庙回来，京城的人们拥挤在道路两旁喜气洋洋，争着看皇太子。这时人群中有人喊了声“少年天子”。宋太宗听后很不高兴，问寇凖：“人心归向太子将把我放在什么位置?”寇凖连连拜贺说：“陛下选择的皇储深得人心，这是国家的福气。”宋太宗恍然大悟，赏寇凖对饮，大醉而罢。此后宋太宗更加依重寇凖。有人给宋太宗献了个宝物：一通天犀，宋太宗令人
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