个团级单位。
一团为侍卫团，兵马一千，由赵云任团长，下辖三个营以及一个独立连，其中一营为骑兵营，由原来的‘龙骧’特战排扩充而来，营长由赵云兼任，二营为步兵营，由原来的‘虎贲’特战排扩充而来，由杜迁任营长，三营为水战营，统领梁山战船水军，由宋万任营长。
而独立连就是军团长王伦的警卫连，由原来王伦的警卫班和内务班再加上岳家庄的人组成。
王伦原本不想动用岳家庄的人，但姚秀静认为既然已经来了梁山，大家便都是梁山的人，不可再分彼此，岳家之人既是梁山之人，任由王伦调用，王伦便遵从姨母之命，从岳家庄众人之中挑其精锐编入了警卫连，由小虎任连长。
二团、三团均为骑兵团，每团各一千人，二团为重装骑兵团，由史进任团长，下辖两个营，一营为具装重骑兵，由邹渊任营长，二营为普装重骑兵，由邹润任营长。
三团为混成骑兵团，由马麟任团长，下辖三个营，一营为先锋营，由薛永任营长，二营为轻骑营，由吕方任营长，三营为弓骑营，由郭盛任营长。
四团为步兵团，兵员一千，团长由王伦兼任，下辖三个营，一营为盾阵营，由陈达任营长，二营为长兵营，由周通任营长，三营为射手营，由杨春任营长。
五团为混成团，兵员一千，团长也由王伦兼任，下辖三个营，一营为战车营，由欧鹏任营长，二营为机弩营，由邓飞任营长，三营为辎重营，由李忠任营长。
阿奇则充任王伦的贴身侍卫。
另外除了将梁山军团的编制进行了重组之外，王伦又设立了政务、军机二阁，总管梁山军政要务。
政务阁专管梁山内政事务，下设四处，分别为书记处、财务处、农渔处、掌印处。
书记处由萧让负责，专管行文记要。
财务处由蒋敬负责，专管钱粮账目。
农渔处由陶宗旺负责，专管农渔林畜。
掌印处由金大坚负责，专管印信令符，通传政令。
军机阁专管梁山军务，同样下设四处，分别为参谋处、军法处、督造处、军情处、
参谋处设军师二人，分别为朱武、朱贵，专管军情谋略，操演练兵，朱贵同时仍是兼任小王庄总管。
军法处由宣赞负责，专管军规法纪，监察赏罚。
督造处设督造四人，分别为孟康、侯健、欧鹏（兼任）、邓飞（兼任），专管督造战船、袍甲、战车、机弩。
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