学院的斗争。
然而，这种交锋并没有变成一场正面对决。教会对学院的强大影响力，的确给学院造成了不少困难，但宗教势力反对进化论的态度其实并非始终如一，在正统与异端之间有着很大一片模糊地带。教会态度的模糊是很多方面的因素造成的。美国原本就没有统一的基督教会，各派别对进化论的接受程度不一样；不同学院和教会的紧密程度也不一样；此外，教会的态度也取决于学者或校长捍卫学术声誉的决心和能力。在这种捉摸不定的环境下，学者们往往搞不清学术的安全界限和正统观念的范围在哪儿，总是“不小心”就越过了界限，结果是许多温和的进化论者反而率先沦为牺牲者。我们先来看看最保守的神学院中的情况。1857年，南卡罗来纳州的哥伦比亚长老会神学院聘用了保守的詹姆斯·伍德罗，出任自然科学教授一职。
这位伍德罗教授始终致力于调和科学与神学之间的矛盾，但进化论的出现却使他的工作陷入困境。董事会开始怀疑伍德罗接受了进化论思想，于是要求其公开阐述立场。尽管伍德罗巧妙地使用《圣经》打消了董事会的疑虑，但教会还是抓住了他论述上的一个微小“漏洞”，并迫使董事会将其辞退。教会给出的解释是伍德罗的解释虽然不违背《圣经》，但与长老会的解释相抵触。当然，伍德罗的事件仅表明了，当时最保守的神学院对新思想的恐惧。相比之下，在更开明的东部学院里，科学和宗教之间的关系则要和谐很多，进化论的思想也更容易被学院接受。在1880年的耶鲁大学教师名单中，就有好几位是进化论者；而同时期的哈佛大学，在校长查尔斯·艾略特的带领下，正在成为进化论的大本营。
但实际上，即使是在这些学校中也存在一个思想冲突的领域。尽管这个领域也同样模糊，但学院的牧师院长们却一直在努力维持着这之间的界限。一旦冲突发生，他们就宣布：“进化论到此为止。”
可人为的控制并不奏效，一旦允许进化论进入大学，此后就很难对其进行封锁和禁止。19世纪末发生在耶鲁大学的波特—萨姆纳事件就是明证。
波特是耶鲁大学校长，他曾在1872年不顾宗教势力反对聘用了“离经叛道”的萨姆纳教授。但是在1879年，波特要求萨姆纳放弃使用英国思想家斯宾塞的《社会学研究》作为教科书，引发双方冲突。
斯宾塞将进化论引入对人类社会研究，开创了所谓的“社会达尔文主义”。波特不反对在自然科学领域讲授进化论，但反对社会学领域内的进化论，这种立场
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