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一个月后，清军兵临南京城下，勋贵大臣开城投降，弘光皇帝被俘处死。弘光政权灭亡，马士英又拥立鲁王朱常芳为监国，但鲁王也很快投降了。
虽然明朝宗室成员众多，但有君之才的更是寥寥无几。没有一个能服众的皇帝领导，难民所带来的直接后果就是南明各自势力内讧不止，各自为政。
陆王投降后，唐王朱聿键在郑芝龙、黄道周等人的拥立下登基为帝，定年号隆武。与此同时，鲁王朱以海也在浙东监国。
朱聿键和朱以海都是远支宗室，谁也不服谁。隆武皇帝朱聿键是南明诸帝中最有抱负的一位皇帝，立志恢复河山，中兴大明。
然而隆武虽然名为皇帝，但群臣非常有限，被郑芝龙、郑鸿奎兄弟挟制，有心杀敌，无力回天。
公元1646年，鲁监国政权覆灭，朱以海流亡海上不久，郑芝龙背叛了隆武帝，暗中撤军，致使福建门户大开，隆武政权灭亡，朱聿键被清军俘虏，绝食而死。
郑芝龙之子郑成功率余部南下抗清，隆武帝之地，朱聿键在广州登基，定年后为绍武。
与此同时，明神宗之孙桂王朱由榔也在广东肇庆登基，一年后永历南明又一次出现了两个政权并立的情况，绍武政权出兵攻击永历政权，打得不可开交
。还没等双方分出个最终胜负，清军就攻击了广州，绍武政权灭亡。至此，永历成为南明唯一的正统皇帝，各地抗清力量都愿奉永历皇帝为正统。
然而永历皇帝也是平庸之人，并无人君之才。公元1647年，湖南被清军攻占，永历逃往广西。李自成和张献忠残部与南明合作，共同抵抗清军，但是一些南明官员却仍然视他们为流贼，处处排挤。
永历小朝廷内部忙于争权夺利，党争不休。曾是张献忠部下的孙可望愿意归顺南明政权，但是要求永历封他为齐王。
永历虽然不情不愿地给他封了王，但是对孙可望十分猜忌，而孙可望也打着挟天子以令诸侯的主意。曾是张献忠义子的李定国对南明十分忠心，军纪严明，深得民心，接连打退了清军进攻。
两局明王收复了湖南、广西，孙可望对此非常记恨，不仅克扣李定国部下的饷银，还要带兵去攻打李定国，李定国功亏一篑。而永历帝也被孙可望挟持软禁，向李定国求援。
公元1654年，张明振和郑成功进军长江，清朝东南沿海告急，李定国联系郑成功进攻广东新会。然而郑成功未及时响应李定国在新会被清军重创，死伤惨重。
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