使得秦国富强，但秦国贵族多有怨言。有一个叫赵良的人看透了商鞅的危险境地，于是劝商鞅辞官归隐，急流勇退。
但忠言逆耳，商鞅此时被眼前的荣耀所迷惑，不听劝谏。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷继位，即秦惠文王。秦孝公死后，公子虔等贵族势力便罗织罪名，诬陷商鞅谋反。
商鞅变法虽然使秦国强大，但也触动了贵族的利益，尤其是军功爵制度，打破了贵族的世袭特权。秦惠文王为了巩固自己的地位，选择了牺牲商鞅，以平息贵族的怒火。
商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。
商鞅感叹自己立法反而坑了自己，真是自作自受，这也是“作法自毙”的典故。商鞅想逃到魏国，但魏国因他曾骗擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅走投无路，最后在彤地（今陕西华州西南）被杀，尸体被运回咸阳，当众车裂，并诛杀了他的全家。
商鞅虽然死了，但变法得以继续实行下去。秦国逐渐成为战国七雄中实力最强的国家，为后来秦王朝统一天下奠定了坚实的基础。
而商鞅的著作《商君书》也被列为“天下第一禁书”，其中的“霸道之术”成为中国统治者几千年来的重要法宝，其法家思想也成为华夏封建社会“外儒内法”的思想基石。
——“徒木立信，不得不佩服人家这脑子，却是有办法嗷。”
——“几千年前的人都知道，要是想有人给你干活，得花钱。”
——“商鞅却是是一位了不起的任务，凭借一己之力，挽秦国于危难之中，其身虽死，但法不灭，甚至于，他的死都有可能是为了他的法，而故意为之的。”
——“不听劝啊，可惜了，要不说不定还能苟活着。”
——“也不是不听劝，他那样的人不可能想不到自己的结局。”