特藏室，是二史馆一个最为核心的部门，隶属于保管部。1994年，二史馆保管部为了妥善整理全国各地移送过来的有关民国时期军警特系统的档案资料，特地将二号楼的二楼右边全部腾空了出来，专门成立了一个特藏室，下设了搜集、修裱、编目、扫描复制等几个组，其中修裱组下又专设了一个特护小组，专门负责修缮整理一些已破损发霉的珍贵档案资料。
二号楼位于主楼右侧，兴建于上世纪五十年代，其主要功能就是阅览和档案库房。一楼为贵宾阅览厅，大厅的尽头有步行楼梯通向楼上，其二楼和三楼则是存放档案的库房，里面集中存放的是国民党时期中统、军统、保密局、党通局、内调局和国防部二厅等情治系统的历史档案等。由于这部分档案大都涉密，部分档案的密级还很高，所涉的内容也十分敏感，因此这里一直戒备森严，馆内保卫部门特地在一楼的楼梯口装上了一扇密闭牢固的不锈钢门，同时配置了高等级的安防门禁和高清晰的智能摄像头。平日里，除了分管保管部的馆领导、保管部负责人和特藏室的工作人员外，其他任何部门的任何人，未经主管领导的批准授权，一律禁止进入该二三楼的档案库房里，即便是分管其他部门的馆领导，也概不例外。
二楼的一间房门上镶着“特护组”小铜牌的办公室，就是特藏室的负责人冯文轩日常的工作场所。平日里，他会在临窗的椅子上静静坐着。一身浅蓝色的工作服，头发花白且凌乱，身体瘦小羸弱，且有点微驼，一副厚重的老花眼镜，耷拉在鼻梁上，远远望去，俨然象一个落魄守旧的老学究。
作为特藏室的负责人，他将大部分的工作时间，都花在这特护室里。作为享有盛誉的古文献修裱专家，他喜欢在特护室这幽静的氛围里，小心翼翼地打开那些尘封多年的档案，轻轻地翻揭、细细地品鉴，潜心地探究、精美地修裱，指尖间，凝聚的是自己多年的心血，和对历史文化一种沉甸甸的责任和尊重，千年不绝的缕缕墨香，以及那厚重浓烈的历史沧桑、文化气息和鲜活的生命故事，让他为之深深痴迷和陶醉。多年来，他一直乐此不疲，除了生病住院等特殊情况外，每日早晨总在七点半前到达单位，下班迟迟才离开，无论刮风下雨，无论寒来暑往。
前段时间，国安部门移过来一批国民党时期国防部二厅的陈旧档案资料，其中一件，据称是一郊区农民发现的。当时，他在建房挖地基时，从地下挖出了一个小铁盒，本以为里面有什么宝贝，但打开一看，却发现里面装的是一个密封的牛皮纸信封，上面斑斑点点
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