最高一级的河下辖六道，道下有三十一厅，厅下辖汛，每一汛所辖范围几千丈至上万丈不等，汛下设堡房若干，每堡相隔约二里。
整体层级结构与其他管理机构类似，都是金字塔式的。
河道总督为最高负责人，由朝廷，甚至皇帝亲自选拔，通常为二品大员，若加兵部尚书、授太子太保等衔，则为从一品。
河督驻地，设在山东济宁，嘉靖十六年迁至江苏北部黄河、大运河交汇处的淮安清江浦。
嘉靖二十七年，正式分设江南河道总督，驻节清江浦，以及河南、山东河道总督，驻节济宁，次年又增设直隶河道总督。
河督衙门里由朝廷正式任命的官员仅河督一人，书吏、幕客等“编外人员”，大都由河督自行聘任，协助其处理河工事务。
河督兼提督军务，拥有直属军队，称为“河标”或“河营”，均参与“守汛防险之事”。
按照大明朝行政法典《大明会典》的规定，河工主要分为岁修、抢修、另案、大工四类。
顾名思义，岁修是每年定期加固维护沿河堤岸；抢修是遇到河流改道或汛期洪水，“多备料物，昼夜巡防抢护”；新修或接添堤岸，不在岁修、抢修之列者，称另案；“堵筑漫口，启闭闸坝，事非恒有者，曰大工”。
岁修、抢修为计划内工程，所需经费一般由朝廷提前预算拨付，在洪武年间，数额大体保持在每年五十万两银左右，永乐年间以后持续飙升，至正德朝每年大约五六百万两。
而另案与大工，多系突发事件，且工程的规模和强度远在岁修、抢修之上，所需经费甚巨，除由朝廷支持外，还经常从各省临时调拨，或者通过开捐等途径筹集，起初为每年十几万两至百余万两不等，但到嘉靖二十年以后，则“多者千余万，少亦数百万”。
如此一来，河道衙门，和地方衙门，可以说是放开了贪。
具体而言，嘉靖年间的河工弊政，最显著病症是几乎无处不在的“全员贪污”上。
河督及其家属、地方大员及其家属起“带头作用”，收受贿赂，贪污横行。
以这许论为例，在任十多年，贪污“十万余金”，为了防止事情泄露，他将所得钱物委托淮扬盐商代为营运，“淮北商人程致中，收存许论银二万两；又程致中女婿汪绍衣，在清江开当铺，收存许论银四万两；又商人程容德，收存许论银二万两；又商人程迁益，收存许论银二万两”。
而河督周学健，不仅自己利用职务之便贪污
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