2015年发生的那场灾害开始——虽然那并不单单是简单的灾害，但也没有更合适的词语表达——毕竟，没有人相信这种事情可能发生。但它就是发生了。
Vertex(巴提克)。
被如此称呼的怪物们突如其来地从天而降，夺走众多生命，使人类的文明土崩瓦解，就在这时，一些少女身上萌发出了特殊的力量。
能够对抗Vertex的力量——被发现拥有这种力量的少女被称为“勇者”。
能够聆听神谕并以此引领勇者和民众的力量——被发现拥有这种力量的少女被称为“巫女”。
为身为土地神集合体的神树所钟情，身缠神之力而战斗的少女勇者们，付出了自己的生命为代价，对抗着欲将人之世毁灭的天之神的尖兵 Vertex。
可惜，地神的力量不如天神，各个地区选拔出来的勇者先后挣扎到最后一刻死亡，而各地方也先后覆灭，最后人类只能退守至四国地区。
神树制造出来的结界，仅仅只能够笼罩四国地区，而偌大的一颗星球，除了结界以内，再无人类存活。
在四国领域升起的树墙，那就是他们的巨石碑，是他们的玛利亚之墙，而构筑起这墙壁的材料自然是…
——作为勇者而死去的少女们。
用少女的性命来守护的世界勉强延续了下去，可饶是如此，只要天神再度发起攻势，苟延残喘的人类会在顷刻之间覆灭。
自此之后，西历废除，世界进入「神世纪」，如字面意，这是个需要依靠神才能生存的世界。
百不存…不，是千不存一。
神世纪出生的人类们，活动范围仅仅围绕着神树而展开，只能栖息在神树之壁内，一切的真相被“大赦”刻意掩盖，只有少数人才知道一切。
大赦认为，在神树的庇佑之下，人们只用安心地生活而不需要了解残酷的真相。
但神世纪二九八年，Vertex的入侵再度开始了，当时的三位勇者们向神树付出了难以想象的代价后，勉强将星座们一一“击退”。
注意，这仅仅只是击退而已。
大赦内部持续的讨论最终得到了一个结论——根据神谕知道，被迎头痛击的Vertex们暂时不会再次进攻。
但是一年或两年后，那些异形必定会再度瞄准神树袭来，在那之前必须研究并准备好相应的对策。
这次不能只是击退，而要找出可靠的消灭的方法，人类在这种时候往往能得
…。。