先后在女子师范大学、清华大学、北京大学任教，一九三三年赴南京任金陵大学教授兼中国文化研究所研究员。一九四一年赴重庆，任重庆盐务总局、贵州盐务总局分局帮办秘书，同时兼任齐鲁大学教授。
抗日战争胜利后任重庆大学、重庆女子师范学院教授。
一九四八年秋天回到广州中山大学任教。
中华人民共和国成立后，被选为第三、四届全国人.大代.表，第五届政.协委员，广东省民盟委员会副主任委员，广东省、广州市文管会副主任委员，广东省语文学会会长。
今天中大校园内依然可见多处商衍鎏的笔迹。
这是个为中国考古事业做出重大贡献之人，一九二九年时，他为充实古物成列室储藏，到北平等地鉴定、收集古物。共得甲骨、金石、瓷器、佛像、壁画等历代古物两百余种，其中不乏战国鼎、汉彩绘陶尊、北魏六道轮回造像（今定名为：卢舍那法界人中像）、隋开皇造像、唐三彩飞虎兽等历史价值很高的精品。这批古物在日军占领广州时遭到严重破坏，损毁殆尽。
二零零五年，残存古物被安置在中山大学广州校区南校园图书馆。
中山大学语言历史研究所，是中国学术现代化进程中，出现的最早且最典型的学术机构, 是二十世纪中国学术界最为重要的成就之一，对历史研究产生了广泛而深远的影响。
傅斯年居功至伟。