文字，当即表示这与《宋史•艺文志》中提到的文献是一致的。罗振玉进一步认为，内阁大库就是明代文渊阁的故址，定然有许多藏书遗留在其中。而张之洞又继续询问一些同僚，确定罗振玉所言是事实。
在此基础之上，张之洞立即组织人员，到内阁大库按照保存下来的明代文渊阁藏书目录去寻找前人遗留下的古书，尤其是价值连城的宋版书。在这样一种情势之下，张之洞也急忙上奏，请求驳回，然后急忙去故纸堆当中“寻宝去了”。但是他们认为的宝贝只是偶然所得的，更多的只是明清普通的官方档案，并没有什么价值。即便是张之洞这样的硕学大僚，并没有现代的史学价值观念，在找不到他所期待的宋版书之后，也是悻悻地转身离开了。而这批档案虽然命令不让烧毁，只是继续堆放在大库当中。
辛亥革命后将这批档案材料划归教育部历史博物馆收藏，于一九一七年全部移放于午门端门洞中，。
这些档案被废置在午门，不断有人在好奇心趋势之下，公或者私的原因，前来查看。但是不管是普通的官员还是有浓厚学术兴趣的学士大夫，他们在看待这些档案之时，都是注意能否从中找到一两本宋版书甚至是残页，即便没有宋版的，明版的也未尝不可。所以一旦发现在这些档案当中找不到自己想要的东西之时，便觉得没有任何的价值了。
这其中最为有名的例子便是清末著名的藏书家傅增湘与这批档案的故事，他在听说到这批档案的缘由后，多次勘探没有发现他想要的宋版文献，只能默默离去，说明当时传统的知识分子对于近代以德国为主，兴起的利用官方档案研究历史的学术观念，基本处于茫然无知的状态
后来教育部曾两次派人进行“整理”，将一些比较整齐的材料翻捡出来，其余的则胡乱堆放，使之更加残破散乱，被盗窃之现象亦更为严重。
一九二二年，历史博物馆方面经费短缺，于是在这批档案上打起了主意。把它们装进了八千个麻袋里，总计重量十五万斤，以“烂字纸”之价格，计四千大洋，卖给了北京的同懋增纸店。
该纸店又改用芦席捆扎成包，准备运至定兴、唐山两地重新造纸，同时从中挑出一些较为整齐的案卷，拿到市场上出售。
罗振玉闻讯后，急以三倍之价赎回。将已运往定兴的部分重新运回北京，运至唐山的部分改运到天津存放。
他曾雇人对某些案卷进行了整理，编印成《史料丛刊初编》10册。以私人之力，全面进行整理绝无可能，长期存放，其财力实
…。。