抗日战争中，傅斯年开始参与政治，先是参加了国民党政府的“国防参议会”，后又兼任“国民参政会参政员”，经常出席国民参政会。
他在参政员任上，敢作敢为，嫉恶如仇，一介书生，将两位渎职的行政院长赶下台，创下中国议政、谏政的奇迹。
孔祥熙是民国政坛上的著名不倒翁。他于1928年任南京国民政府工商部长。1933年任行政院副院兼财政部长。1938年，升任行政院长。一直官运亨通，步步青云。
孔祥熙为官结党营私，口碑极差，但因特殊身份，人们大多敢怒不敢言。但傅斯年不听这个邪，孔祥熙升任行政院长不久，傅斯年致函蒋介石，猛烈抨击孔祥熙的为人与为政。
函件一开头就指出，抗战以来，全国将土、官民“正在为民族生存作空前之奋斗”，“国步艰难”，但是，外交、行政却未能发挥效能。傅斯年分析其原因，认为关键是“负责之人另是一格”，“作来一切若不相似”。
孔祥熙善逢迎，是“以领袖之意志为意志”，一切惟蒋之命是听，因此，深得蒋的喜欢。傅斯年上书之后，自然没有结果。
第一次上书无效，傅斯年不肯罢休。
1938年7月6日，国民参政会第一届大会在武汉召开，傅斯年被聘为参政员。会前，傅斯年即积极活动，制造倒孔舆论。孔祥熙听到风声，在参政会报告时特别卖力，企图讨好参政员。
但是，傅斯年等仍于7月12日致函蒋介石，从才能、信望、用人、友邦观感等方面，条分缕析地论证，孔祥熙不足以担任行政院长一职。
函中言道；“第一、就中国官场应付技巧言，孔祥熙可称超群的上等人才，然而，对建设近代国家、主持大政的良规大义，却毫无所知。第二，孔祥熙纵容夫人、儿子聚敛金钱，奢侈、豪华，“实为国人所痛恶”。第三，孔祥熙用人唯亲，凡山西同乡及旧时同僚，都优为安插。都优为安插。第四，孔祥熙国际舆论不佳，难以得到援助。第五，孔祥熙以孔子后裔自负，而“持身治家”，每多‘失检’。”
函件最后，傅斯年等要求蒋介石为抗战前途计，“审察事实，当机立断”，免去孔祥熙的职务，以慰四海之望。
蒋介石事前就知道傅斯年在酝酿上书，很不高兴，傅斯年二次上书仍没有结果。
傅斯年是不达目的，誓不罢休。
1938年10月31日，国民参政会第一届第二次会议在重庆召开的第四天，傅斯年会同张澜
…。。