时慌乱起来，此时章子俊才想起来，历史上确有曹吉祥“谋反”之事，难道就在今朝不成？又没见到首辅李贤，就打着内阁的旗号，连忙让东华门守卫紧闭城门，又说动年轻的同僚寻找武器自卫防身，送自己上值而来的二哥徐经年也加入其中，可是没有兵刃，有人说东华门边上就是武备院，可让武备院的人多带弓箭一起防守城门，章子俊不认同，现在情况不明，万一武备院是曹吉祥一党的话，不就自投罗网了吗？因为现在除了东安门火光冲天，喊杀声外，内廷之中几乎也有喊杀声传来。
其实在一个时辰前，曹钦杀了逯杲后，又在东朝房砍伤了前来上朝的李贤，把逯杲的头给李贤看，说自己的行动是逯杲激成的，逼李贤替他上疏声辩。
看来此时的曹钦脑子还算清醒，抓了李贤前往吏部朝房，强迫王翱与李贤为其草拟奏疏向皇上谢罪。曹钦想当然地认为，自己是聪明人，把别人全当成傻子了，在此夜至第二天清晨期间，王翱数次保护李贤及尚书马昂等人，王翱趁曹钦不注意，把李贤及尚书马昂等人躲进一个房间中，死不出来，最后曹钦毫无办法。加上主事朱文范身材高大，勇力过人，他背着王翱逃走，才使其免于被擒。
依赖王翱一力相救，李贤才得以幸免。李贤秘密上疏请擒拿贼党。当时正纷扰不安，不知道李贤在哪。朱祁镇得到奏疏后，非常高兴。李贤裹伤入宫觐见朱祁镇，朱祁镇加以慰劳。
曹钦恼羞成怒又到西朝房杀了都御史寇深。攻东、西朝房，不得入，遂放火。守卫者拆河边的墙石填塞大门，叛军在东安门门外往返呼叫。
曹钦又转攻东长安门，碰到了孙镗带兵赶来，一番厮杀后不得，后又转攻东安门，在路上遇到吴瑾，把他杀了。又纵火，门烧毁了，但门内却乘势加柴，火更猛，叛军无法入内。这时天已大亮，曹钦党稍稍散去。孙镗领兵追杀曹钦，斩了曹铉 。
时间到了辰时，东华门还算是平静，而东安门孙軏砍中曹钦的胳膊后战死，孙镗已是杀红了眼，调令大炮和兵夹攻曹钦军队，曹钦知道败局已定，仍率众拼力抗拒孙镗，一直打到午后才将曹钦军队消灭，曹钦企图突破安定等门，但城门全部紧闭，曹钦只得退回家中抵抗。刚好天降倾盆大雨，孙镗督军入曹钦家，曹钦投井死，又把曹铎及全家人杀了。
自此，石曹之乱平定。孙镗因立下首功进封为怀宁侯，俸禄一千三百石，仍主管三千营。 王翱被加授为太子少保。 特加李贤为太子太保。 朝廷为吴瑾辍朝一日，依例赐祭葬，追封凉国公，谥号
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