此时的朱见深已经无法看奏疏了，卧床不起病倒了，日日咳血不止，朱见深预感到自己时日无多，开始处理身后之事，于是一口气分封了五个儿子为王，封皇子朱祐杬为兴王，朱祐棆为岐王，朱祐槟为益王，朱祐楎为衡王，朱祐枟为雍王。
自万贵妃死后，朱见深经常出现一些症状，比如失眠、多梦、重度抑郁等。在此时，这些症状被认为是老年痴呆的表现。这些症状的出现是害怕自己的统治地位不稳定，被排挤和打压所导致的精神压力而导致的。原本情绪激动时说话结巴，加上万贵妃的死后，内心愈发不安定，又热衷于享受酒色和音乐。宫廷里充满了嫔妃和侍女，花费极高。这种荒淫生活可能加速了身体损害，甚至导致了许多疾病。
按理说此时的朱见深正值壮年，刚过四十岁，宫廷内医诊断为老年衰老似乎不合情理，表面上说是沉溺于美色，为与万贵妃纵欲享乐，还命人搜集炼丹方术，服用烈性药物。其实这些解说也说不通，人的衰老跟年龄相关的，这就有人怀疑朱见深的继母卫老夫人对他的身体健康可能有过勾结。卫老夫人在其年轻的时候与他有过感情，因此怀疑卫老夫人可能会在他的药物或饮食中下药或做出其他蓄意行为导致其很快死亡。
另一个版本是在成化时期，宫廷政治异常复杂，许多官员斗争不断。因此，一些历史学家认为，朱见深可能被其它廷臣所毒杀。他的一些政治举措和施政方针可能刺激了其他人的利益，导致遭到报复。
而此时距驾崩还有一个月时间，章子俊在诏狱中度如年，皇上病体加重，由内阁刘吉、刘健、徐傅提议让太子理政，被首辅万安反对，此时太子朱祐樘正在东宫听取覃吉对当前朝堂上各种消息，就说到了平安伯夫人第二次上疏的事，覃吉是谁？覃吉，明朝太监。曾在宫中服侍多年，后做过典玺局的郎官，专门照管太子的生活和学习。这些年来，覃吉对太子口授“四书”，还常常叙说民间情况，连历史上宦官专权祸国的往事也不避讳。所以说朱祐樘受覃吉影响较大，为人宽厚仁慈，躬行节俭，不近女色，勤于政事，重视司法，加上这些年来大儒侍读们对太子猛灌孔孟之道。覃吉对太子说：“我老了，也不想当富人，但愿天下有个圣君，我就满足了。”
覃吉为人正派，忠于职守，太子非常尊敬他，称他为“老伴”。所以说宦官不全是“坏人”，也有像覃吉这样的正直的人。朱祐樘问道：“对平安伯怎么看。”覃吉回道：“看奏疏上的叙述，这些年来朝廷确实有亏与他。不过听闻平安伯私造枪炮，僭越祖
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