就在唐峰召开会议筹划下一步行动的时候，位于金陵城的总督衙门内，清政府的一众官员及俄国援华军的军官们也正在召开会议，讨论防御计划。
会议的议题是讨论徐州和威海卫军港的防卫问题，在讨论防守徐州的方案时，大臣们的意见比较统一，发布了如下命令：1.命令张勋指挥部队在苏、鲁两省交界处依托大运河构筑工事，准备抗击共和军的进攻。
2.命令袁世凯率军加速向徐州撤退，与张勋汇合加强徐州守军的兵力，3.命令俄国援华军派出六千人（俄国援华军总兵力一万两千人）前往徐州，配合清军一起守城。
4.徐州地区的所有守军由袁世凯和格罗杰科（俄国援华军总司令）联合指挥。
在讨论威海卫的防守方案时，大臣们出现了分歧，一些大臣主张充分发挥清军拥有海军的优势，命令丁汝昌率领舰队果断出击，袭击共和军。
李鸿章坚决反对采取这种办法，他说：“唐峰的部队虽然没有海军，但是他有一种怪异武器，这种武器不仅可以在天上飞，还可以发射炸弹，如果舰船在海上遇到它们，将死无葬身之地。依我之见，应该命令丁汝昌和张文宣（此人是李鸿章的外甥，时任威海卫军港陆地守军指挥官）等人率军死守威海卫军港，抵抗敌人的进攻。”经过讨论，清政府下达了死守威海卫的命令。
接到命令后，丁汝昌立即下令海军各军舰、陆军各炮台及军火库清点粮食和弹药，做好战斗准备，同时命令陆军指挥官孙万龄率领两千名清军进驻距军港东侧入口三十五公里的白马村，以防止敌军从荣城湾登陆后长驱直入，直逼威海卫南帮炮台（负责防守威海卫南岸的炮台群统称南帮炮台，负责防守北岸的炮台群统称北帮炮台。
）造成兵临城下的不利局面。至此清军、共和军已经分别做好了战斗准备，一场大战在所难免。