天皇拿到电报后立即下令召集御前会议，讨论此事。在会议上，日本联合舰队司令伊东祐亨，陆军第二师团长大山岩坚决反对向共和军缴械，但以首相伊藤博文为首的一些大臣主张向共和军缴械并和中国共和政府建交，以保证山县有朋率领的援华派遣军能够顺利回国。
伊藤博文说道：“天皇陛下，各位同僚，我国派出援华派遣军的目的是为了保护我国的利益，现在清政府已经不复存在，想要保证帝国的利益，就必须答应中国共和政府的要求，至于那些武器，交出去了可以再造，只要山县将军他们能够平安回国就行。”伊藤博文的看法得到了大多数人的支持，天皇采纳了他的建议，命令外务省（相当于外交部）成立专门的工作组负责和中国共和政府建交的事务，同时命令山县有朋率援华派遣军向共和军缴械，然后回国。